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- PDB-7ds1: Crystal structure of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ds1
タイトルCrystal structure of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase in complex with DARIPP (C-terminal deletion mutant at pH 6.5)
要素CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / deaminase / riboflavin
機能・相同性Invertebrate-AID/APOBEC-deaminase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding / Chem-HJL / CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Chen, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase: the functional mechanism involved in riboflavin biosynthesis.
著者: Chen, S.C. / Ye, L.C. / Yen, T.M. / Zhu, R.X. / Li, C.Y. / Chang, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4433
ポリマ－22,0221
非ポリマー4212
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.320, 90.778, 40.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein


分子量: 22021.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal deletion mutant / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB40 / 遺伝子: AO090026000280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UFA9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HJL / [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[[2,5-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-4-yl]amino]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate / 2,5-ジアミノ-6-(5-O-ホスホノ-1-デオキソ-D-リボ-ス-1-イルアミノ)ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 355.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate and 30% PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→31.54 Å / Num. obs: 31013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.622 / Num. unique obs: 3056

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→31.54 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 1538 5.03 %RANDOM
Rwork0.1827 29066 --
obs0.1839 30604 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.28 Å2 / Biso mean: 20.1704 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→31.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 24 180 1632
Biso mean--16.93 29.86 -
残基数----183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.630.2591350.22452330246589
1.63-1.690.2711280.20772572270099
1.69-1.760.23711430.209126412784100
1.76-1.840.25191340.186526312765100
1.84-1.930.20471010.180426922793100
1.93-2.050.20631430.181526502793100
2.05-2.210.19061580.176526342792100
2.21-2.440.17851550.173826482803100
2.44-2.790.21761590.190526752834100
2.79-3.510.22291400.184227332873100
3.51-31.540.18521420.170128603002100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23810.3261-1.68951.96990.00152.5184-0.08880.30960.1311-0.11350.10160.25790.1146-0.2759-0.04550.1021-0.0065-0.01940.11940.01860.1215-11.61136.0828-7.5005
25.8739-0.03980.79335.3313-1.09936.2682-0.02710.4648-0.2483-0.42210.17340.22850.0571-0.1904-0.15760.2171-0.0389-0.02330.2331-0.0570.1201-15.037722.8242-18.4056
32.2346-0.56070.67281.5590.30332.2303-0.11120.4444-0.2518-0.33950.123-0.32480.02050.186-0.01880.13520.00230.04640.1732-0.0190.10781.661629.0089-9.7068
42.2935-0.39230.61931.4788-0.1821.3136-0.0907-0.1755-0.1570.06970.032-0.08160.0652-0.01470.05770.08440.00770.0260.09320.0080.08711.591427.1842.7309
52.58241.26050.12473.1355-0.14312.92120.0398-0.16460.12430.1517-0.02870.12190.0522-0.0771-0.02250.06420.01660.01940.0843-0.0230.0953-7.191532.26651.8822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 133 through 163 )A133 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 164 through 189 )A164 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 3 through 45 )A3 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 97 )A46 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 132 )A98 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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