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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dry | ||||||
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Title | Crystal structure of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase | ||||||
![]() | CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / deaminase / CDA fold / riboflavin | ||||||
Function / homology | Invertebrate-AID/APOBEC-deaminase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding / CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase: the functional mechanism involved in riboflavin biosynthesis. Authors: Chen, S.C. / Ye, L.C. / Yen, T.M. / Zhu, R.X. / Li, C.Y. / Chang, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 95.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 71.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 722.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 723.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26068.477 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion Details: 1.5 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.44→30 Å / Num. obs: 43068 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 33.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.44→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.746 / Num. unique obs: 4217 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.24 Å2 / Biso mean: 23.1639 Å2 / Biso min: 7.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.44→21.85 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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