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- PDB-7drp: Structure of ATP-grasp ligase PsnB complexed with phosphomimetic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7drp
タイトルStructure of ATP-grasp ligase PsnB complexed with phosphomimetic variant of minimal precursor, Mg, and ADP
要素
  • ATP-grasp domain-containing protein
  • PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic
キーワードLIGASE / ATP-grasp ligase / RiPP / graspetide / Omega ester bond containing peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-grasp domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plesiocystis pacifica SIR-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Song, I. / Yu, J. / Song, W. / Kim, S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism underlying substrate recognition of the peptide macrocyclase PsnB.
著者: Song, I. / Kim, Y. / Yu, J. / Go, S.Y. / Lee, H.G. / Song, W.J. / Kim, S.
履歴
登録2020年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-grasp domain-containing protein
B: ATP-grasp domain-containing protein
C: ATP-grasp domain-containing protein
D: ATP-grasp domain-containing protein
F: PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic
E: PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,36218
ポリマ－153,4596
非ポリマー1,90312
水21612
1
A: ATP-grasp domain-containing protein
B: ATP-grasp domain-containing protein
E: PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6819
ポリマ－76,7303
非ポリマー9526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26000 Å2
手法PISA
2
C: ATP-grasp domain-containing protein
D: ATP-grasp domain-containing protein
F: PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6819
ポリマ－76,7303
非ポリマー9526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.587, 91.656, 98.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
ATP-grasp domain-containing protein / PsnB / ATP-grasp ligase


分子量: 37023.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plesiocystis pacifica SIR-1 (バクテリア)
遺伝子: PPSIR1_03893 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6G4D7
#2: タンパク質・ペプチド PsnA214-38, Precursor peptide, phospho-mimic


分子量: 2681.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plesiocystis pacifica SIR-1 (バクテリア)
参照: UniProt: A6GH40
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Sodium acetate, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→33.19 Å / Num. obs: 31794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 67.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 2.372 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.057.30.57915830.8910.230.6241.71100
3.05-3.117.30.52815520.8980.210.5681.802100
3.11-3.177.30.43416000.9370.1730.4681.808100
3.17-3.237.30.36615650.9590.1460.3941.86100
3.23-3.37.30.31715900.9670.1260.3411.864100
3.3-3.387.30.27115750.9750.1070.2912.018100
3.38-3.467.20.23215750.980.0920.252.043100
3.46-3.567.30.19515870.9870.0770.212.154100
3.56-3.667.20.16416100.9890.0650.1772.22100
3.66-3.787.20.14415790.990.0570.1552.411100
3.78-3.917.20.13615730.9920.0540.1472.376100
3.91-4.077.20.11915870.9940.0470.1282.502100
4.07-4.267.20.10515820.9940.0420.1132.528100
4.26-4.487.20.09215910.9940.0370.12.926100
4.48-4.767.20.08516010.9960.0340.0912.674100
4.76-5.137.20.08115790.9960.0330.0882.631100
5.13-5.647.10.08116120.9960.0320.0882.547100
5.64-6.467.10.08215980.9950.0330.0892.498100
6.46-8.1370.06516150.9970.0260.072.731100
8.13-33.196.60.06216400.9960.0260.0684.30498.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IG9

5ig9


解像度: 2.98→33.19 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 1558 4.9 %
Rwork0.2065 30206 -
obs0.2067 31764 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.23 Å2 / Biso mean: 69.16 Å2 / Biso min: 35.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→33.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9355 0 116 12 9483
Biso mean--67.11 63.47 -
残基数----1247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.98-3.070.26951290.31152451258089
3.07-3.180.32981330.295327432876100
3.18-3.310.2641470.291227682915100
3.31-3.460.23051330.257227712904100
3.46-3.640.22941520.233527462898100
3.64-3.870.22661330.215827742907100
3.87-4.170.19491250.19227822907100
4.17-4.590.17751520.173327662918100
4.59-5.250.17041520.175927632915100
5.25-6.60.20141640.206427882952100
6.61-33.190.20061380.167728542992100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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