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- PDB-7dob: Crystal structure of Catabolite repressor activator (Apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dob
タイトルCrystal structure of Catabolite repressor activator (Apo)
要素Catabolite repressor/activator
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / transcription factor (転写因子) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fructose / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Catabolite repressor/activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:K15:H31 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Catabolite repressor activator (Apo)
著者: Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
履歴
登録2020年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite repressor/activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0555
ポリマ－40,8111
非ポリマー2434
水1,00956
1
A: Catabolite repressor/activator
ヘテロ分子

A: Catabolite repressor/activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,10910
ポリマ－81,6232
非ポリマー4878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_554x-y+1/3,-y+2/3,-z-1/31
Buried area4870 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.577, 102.577, 160.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

21A-550-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Catabolite repressor/activator / Fructose repressor


分子量: 40811.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:K15:H31 (strain 536 / UPEC) (大腸菌)
株: 536 / UPEC / 遺伝子: ECP_0082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A454A0X5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.3M MgCl2, 0.1M MES, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.8 Å / Num. obs: 12911 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Num. unique obs: 1268 / CC1/2: 0.662

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IKS

2iks


解像度: 2.4→36.535 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 642 4.98 %
Rwork0.2266 12239 -
obs0.2287 12881 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.99 Å2 / Biso mean: 67.4387 Å2 / Biso min: 26.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→36.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 14 56 2310
Biso mean--79.92 66.91 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.291972
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.58530.39941270.3856241299
2.5853-2.84530.35591360.3296240799
2.8453-3.25680.34991380.27692409100
3.2568-4.10240.26581170.1981244699
4.1024-36.5350.20591240.18732565100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.172 Å / Origin y: 38.3312 Å / Origin z: -15.1159 Å
111213212223313233
T0.361 Å20.0044 Å2-0.0237 Å2-0.4957 Å20.0083 Å2--0.3721 Å2
L4.7711 °2-1.8794 °2-3.0398 °2-1.6947 °20.6312 °2--3.5198 °2
S-0.0531 Å °0.576 Å °-0.2067 Å °0.1285 Å °-0.0366 Å °0.3517 Å °0.0245 Å °-0.9146 Å °0.0372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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