PDB-3qk7: Crystal structure of putative Transcriptional regulator from Yers...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qk7

タイトル

Crystal structure of putative Transcriptional regulator from Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001

要素

Transcriptional regulators

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / transcriptional regulator / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative Transcriptional regulator from Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qk7.cif.gz	333.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qk7.ent.gz	276.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bbl-1 3k4h-2 2o20-3 2o20-4 2o20-1 1s2g-d 3kke-2 4fn8-1 1k1e-2 6ndi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11234o

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulators

B: Transcriptional regulators

C: Transcriptional regulators

97.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulators

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulators

C: Transcriptional regulators

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.700, 96.700, 256.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulators 分子量: 32561.184 Da / 分子数: 3 / 断片: Sequence database residues 67-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: 91001 / 遺伝子: purR3, YP_070137.1, YP_1471 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q74V61, UniProt: A0A0H2W507*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% iso-propanol, 0.1 M Na-Hepes, 20% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.3 % / Av σ(I) over netI: 18.45 / 数: 336002 / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.61 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 63658 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.32	50	99.6	1	0.05	3.33	5.3
5.81	7.32	99.9	1	0.067	2.487	5.4
5.08	5.81	99.9	1	0.067	2.201	5
4.62	5.08	100	1	0.068	2.362	5.2
4.29	4.62	100	1	0.074	2.423	5.2
4.03	4.29	100	1	0.085	2.257	5.2
3.83	4.03	100	1	0.097	1.939	5.3
3.66	3.83	100	1	0.114	1.548	5.3
3.52	3.66	100	1	0.129	1.374	5.3
3.4	3.52	100	1	0.152	1.35	5.4
3.3	3.4	100	1	0.204	1.163	5.3
3.2	3.3	100	1	0.258	1.088	5.3
3.12	3.2	100	1	0.326	1.078	5.3
3.04	3.12	100	1	0.393	1.061	5.3
2.97	3.04	100	1	0.443	1.075	5.3
2.91	2.97	100	1	0.546	1.074	5.3
2.85	2.91	99.9	1	0.659	1.104	5.3
2.8	2.85	99.9	1	0.746	1.079	5.3
2.75	2.8	99.9	1	0.924	1.074	5.3
2.7	2.75	99.9	1		1.151	5.2

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 63658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.606 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs
2.7-2.75	5.2	3190	1.151	99.9
2.75-2.8	5.3	3124	1.074	99.9	0.924
2.8-2.85	5.3	3277	1.079	99.9	0.746
2.85-2.91	5.3	3130	1.104	99.9	0.659
2.91-2.97	5.3	3200	1.074	100	0.546
2.97-3.04	5.3	3173	1.075	100	0.443
3.04-3.12	5.3	3211	1.061	100	0.393
3.12-3.2	5.3	3129	1.078	100	0.326
3.2-3.3	5.3	3187	1.088	100	0.258
3.3-3.4	5.3	3205	1.163	100	0.204
3.4-3.52	5.4	3141	1.35	100	0.152
3.52-3.66	5.3	3191	1.374	100	0.129
3.66-3.83	5.3	3210	1.548	100	0.114
3.83-4.03	5.3	3215	1.939	100	0.097
4.03-4.29	5.2	3149	2.257	100	0.085
4.29-4.62	5.2	3174	2.423	100	0.074
4.62-5.08	5.2	3195	2.362	100	0.068
5.08-5.81	5	3183	2.201	99.9	0.067
5.81-7.32	5.4	3180	2.487	99.9	0.067
7.32-50	5.3	3194	3.33	99.6	0.05

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.3003 / WR_factor R_work: 0.2337 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7075 / SU B: 34.017 / SU ML: 0.303 / SU R Cruickshank DPI: 0.9073 / SU R_free: 0.3904 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.907 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2991	1574	5 %	RANDOM
R_work	0.2336	-	-	-
obs	0.2368	31187	97.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.59 Å² / B_iso mean: 68.278 Å² / B_iso min: 14.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6482	0	0	85	6567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	1.989	8984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.82	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.724	24.056	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.057	15	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.112	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.772	3.5	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.991	50	6710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.003	50	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.652	4.5	2274

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.975	117	-
R_work	0.01	2031	-
all	-	2148	-
obs	-	-	91.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.289	0.0935	0.3124	1.1275	0.8887	5.0396	-0.1379	-0.327	-0.2503	0.0709	-0.1671	0.1619	0.4827	0.0337	0.305	0.0738	0.066	0.097	0.2893	0.1288	0.304	-0.3536	33.2662	150.1093
2	1.6494	0.2585	-0.0675	3.6048	-0.4167	1.3397	-0.1189	-0.2812	0.1695	0.0286	0.2461	0.18	-0.114	-0.143	-0.1271	0.0202	0.047	0.0014	0.2755	-0.0181	0.0729	35.395	56.0055	145.317
3	2.093	1.1987	0.0412	3.5682	0.6697	1.4149	-0.1097	0.2658	0.1382	-0.4293	0.0873	0.0654	-0.2237	0.0806	0.0224	0.1806	-0.0052	-0.0517	0.2159	0.1132	0.0816	27.3486	55.9718	116.4768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999

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