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Yorodumi- PDB-3kke: Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kke | ||||||
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Title | Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis | ||||||
Components | LacI family Transcriptional regulator | ||||||
Keywords | transcription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / TRANSCRIPTION / DNA-binding / Transcription regulation / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Do, J. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis Authors: Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Do, J. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kke.cif.gz | 212.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kke.ent.gz | 169.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kke.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3kke_validation.pdf.gz | 471.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3kke_full_validation.pdf.gz | 483.5 KB | Display | |
Data in XML | 3kke_validation.xml.gz | 40.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3kke_validation.cif.gz | 56.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kke | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32021.102 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: MSMEG_0491 / Plasmid: modified pET26 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0QPR6 #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.6 Details: 100mM sodium acetate pH 4.6, 30% PEG 4000, 200mM ammonium acetate, vapor diffusion, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.97958 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2009 |
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97958 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→33.367 Å / Num. all: 49476 / Num. obs: 49080 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 7127 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.256 / WRfactor Rwork: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 13.583 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / SU Rfree: 0.234 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS PARAMETERS REFINED FOR N- and C-TERMINAL DOMAINS AND FIXED FOR FINAL REFINEMENT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.77 Å2 / Biso mean: 39.486 Å2 / Biso min: 9.05 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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