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万見
- PDB-7doa: Crystal structure of Catabolite repressor acivator from E. coli i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7doa
タイトルCrystal structure of Catabolite repressor acivator from E. coli in complex with HEPES
要素Catabolite repressor/activator
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Cra / HEPES (HEPES) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fructose / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolite repressor/activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:K15:H31 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Catabolite repressor acivator from E. coli in complex with HEPES
著者: Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
履歴
登録2020年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite repressor/activator
B: Catabolite repressor/activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4306
ポリマ－81,6232
非ポリマー8074
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.932, 43.341, 108.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-507-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 60 - 333 / Label seq-ID: 83 - 356

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.50264, 0.864488, 0.003721), (0.864288, -0.502421, -0.024069), (-0.018937, 0.015314, -0.999703)14.89539, -26.235861, -53.897598

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要素

#1: タンパク質 Catabolite repressor/activator / Fructose repressor


分子量: 40811.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:K15:H31 (strain 536 / UPEC) (大腸菌)
株: 536 / UPEC / 遺伝子: ECP_0082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A454A0X5
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: HEPES, MgCl2, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40.91 Å / Num. obs: 16445 / % possible obs: 97.78 % / 冗長度: 0.08726 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 3740 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IKS

2iks


解像度: 2.7→40.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 49.063 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2838 824 5 %RANDOM
Rwork0.2172 ---
obs0.2206 15622 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.87 Å2 / Biso mean: 74.035 Å2 / Biso min: 41.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0 Å20 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→40.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4436 0 51 63 4550
Biso mean--89 65.79 -
残基数----548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0151.9816255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6725550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.45122.941238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.13415774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6691554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213542
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16498 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 58 -
Rwork0.372 1111 -
all-1169 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.35111.76660.00781.8701-0.03642.73230.01690.0747-0.0821-0.03020.1076-0.0268-0.0139-0.0239-0.12450.47580.0443-0.01720.1532-0.01950.03411.333-7.454-39.734
23.58160.87210.39491.5423-0.18863.16750.0877-0.09670.09140.09540.097-0.01890.60910.366-0.18480.64850.1175-0.04710.2083-0.04610.01839.132-20.99-14.665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2B60 - 333
4X-RAY DIFFRACTION2B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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