[日本語] English
万見
- PDB-7dnf: DARPin 63_B7 in complex with V3-IY (MN) crown mimetic -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnf
タイトルDARPin 63_B7 in complex with V3-IY (MN) crown mimetic
要素
  • DARPin 63_B7
  • V3-IY (MN) crown mimetic peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / anti-HIV
生物種synthetic construct (人工物)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Wu, Y. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_192689 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_166676 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_146278 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct conformations of the HIV-1 V3 loop crown are targetable for broad neutralization.
著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, ...著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, T. / Schaefer, J.V. / Karakus, U. / Ursprung, S. / Mann, A. / Rusert, P. / Kouyos, R.D. / Robinson, J.A. / Gunthard, H.F. / Pluckthun, A. / Trkola, A.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DARPin 63_B7
B: V3-IY (MN) crown mimetic peptide
C: DARPin 63_B7
D: DARPin 63_B7
E: V3-IY (MN) crown mimetic peptide
F: DARPin 63_B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,13114
ポリマ－77,3636
非ポリマー7698
水11,512639
1
A: DARPin 63_B7
B: V3-IY (MN) crown mimetic peptide
C: DARPin 63_B7
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The DARPin 63_B7 is supposed to bind one V3-IY (MN) crown mimetic. However, only two V3-IY (MN) crown mimetics with 4 DARPin 63_B7 are found in asymmetric unit. The details ...根拠: gel filtration, The DARPin 63_B7 is supposed to bind one V3-IY (MN) crown mimetic. However, only two V3-IY (MN) crown mimetics with 4 DARPin 63_B7 are found in asymmetric unit. The details will be explained in the publication.
  • 39 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9696
ポリマ－38,6813
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
2
D: DARPin 63_B7
E: V3-IY (MN) crown mimetic peptide
F: DARPin 63_B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1628
ポリマ－38,6813
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.350, 105.980, 64.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DARPin 63_B7


分子量: 18384.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: タンパク質・ペプチド V3-IY (MN) crown mimetic peptide


分子量: 1912.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→48.26 Å / Num. obs: 59433 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1276 / Rrim(I) all: 0.07273 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 1.78→1.844 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.572 / Num. unique obs: 5571 / CC1/2: 0.271 / % possible all: 90.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVX chain A

1svx


解像度: 1.78→48.26 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1486 2.5 %
Rwork0.1871 --
obs0.188 59419 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4993 0 40 639 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5487009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6213025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7801-1.83760.34131260.30564939X-RAY DIFFRACTION91
1.8376-1.90330.34561290.29525000X-RAY DIFFRACTION92
1.9033-1.97950.31891290.26935052X-RAY DIFFRACTION93
1.9795-2.06960.27731320.23385142X-RAY DIFFRACTION94
2.0696-2.17870.27721340.21545243X-RAY DIFFRACTION97
2.1787-2.31520.22281390.2015408X-RAY DIFFRACTION99
2.3152-2.49390.25451370.18615353X-RAY DIFFRACTION99
2.4939-2.74490.22511390.18275423X-RAY DIFFRACTION100
2.7449-3.1420.20471390.18265416X-RAY DIFFRACTION99
3.142-3.95830.17821400.1555464X-RAY DIFFRACTION99
3.9583-48.260.20851420.16515493X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.42960.36152.92042.48991.96343.1290.27130.2912-0.4861-0.62560.17370.81330.3133-0.0531-0.30160.40410.0073-0.08370.282-0.06420.48577.22-32.77285.1731
25.9264-0.9813-3.44546.054-0.55522.2125-0.02410.0922-0.6081-0.4392-0.1326-0.30380.435-0.02650.0620.3235-0.0331-0.00430.2936-0.07130.309317.1012-35.14038.5104
37.262-2.1316-3.72562.99351.37472.36220.26140.66450.1003-0.1807-0.0414-0.0268-0.0597-0.1819-0.02960.2430.0021-0.01920.2875-0.01170.2236.2878-23.997910.1231
44.5748-1.5746-1.39313.4651.59881.8419-0.00290.0208-0.03410.02910.0543-0.15290.05340.0548-0.13610.2224-0.01920.00370.21630.00440.184112.9412-24.048219.0349
54.66151.7079-3.08312.9768-1.42413.60440.1036-0.45190.10620.1806-0.1258-1.0629-0.29770.96840.02620.23220.0078-0.01030.30670.02530.254521.5458-21.610423.9751
67.3615-5.07213.82417.8485-1.34045.7283-0.08-0.268-0.12880.31710.07330.28080.1103-0.1602-0.02580.2663-0.00140.01020.1683-0.03320.15629.3357-16.173229.8064
78.54662.1803-4.55562.0337-1.25292.497-0.0829-0.7011-0.11930.40370.0001-0.49560.29810.910.19320.32520.0396-0.09440.3331-0.01920.245520.3108-18.235134.2262
87.3663-2.5819-3.79873.95360.43194.59420.1162-0.270.91780.39590.1770.1833-0.4339-0.4072-0.27930.3761-0.02220.01030.2979-0.0560.23198.8499-9.624134.0867
93.5153-4.33111.87886.694-3.93737.763-0.4613-1.08730.28841.41480.1975-0.3717-0.16110.29140.40290.65-0.0310.01080.5448-0.05870.225312.1909-16.091144.0982
103.1318-2.8011.72483.5948-2.88586.1418-0.1255-1.2577-0.84431.37790.4795-0.43130.5573-0.7833-0.31580.5207-0.0477-0.0330.45830.09240.43851.8032-28.377729.2925
114.11462.90780.76522.66052.53429.2781-0.01160.0317-0.2879-0.15360.0063-0.08950.3439-0.00120.0660.25310.03020.00380.22430.02210.29611.9819-30.734422.9691
129.65422.0571-4.7838.2707-3.11968.2667-0.2709-0.3587-0.03820.22450.3060.02480.02270.0499-0.10060.257-0.0114-0.02530.30430.07830.2137-12.5641-34.730228.614
132.42590.3417-1.23142.8753-0.43423.4774-0.0309-0.10030.07420.12070.1428-0.0737-0.04390.0567-0.04630.2340.00850.00130.22570.01350.2321-10.9708-27.781321.8089
149.1481-2.4829-3.04691.3965-0.21257.157-0.30540.295-0.65950.11020.11580.56720.9556-0.75850.14450.3432-0.07470.02060.3102-0.00260.3612-16.7189-37.984617.7823
152.02140.1732-1.13851.8001-0.38883.9128-0.1291-0.0288-0.1694-0.07280.181-0.0491-0.06880.0107-0.08860.20460.0107-0.00070.2701-0.00490.2224-11.5-26.200113.062
162.1397-1.2009-2.01541.3765-0.70467.6793-0.410.3242-0.9843-0.18820.04340.13030.82690.13960.17790.3427-0.02850.04650.2729-0.04190.3515-14.7643-35.83347.1127
172.13830.0159-1.05922.9794-0.61964.2846-0.0253-0.01160.17720.00230.0744-0.3082-0.09160.1293-0.00130.2165-0.0056-0.02960.271-0.0220.2566-9.378-23.33513.9287
182.0395-1.6734-1.31384.8416-0.08228.0374-0.0808-0.0664-0.9142-0.33160.15150.20850.7957-0.14590.12240.2774-0.00090.01840.2299-0.03290.2523-11.1524-33.4214-2.656
195.93411.1663-1.57844.0154-0.62693.5907-0.02390.509-0.1207-0.5472-0.0461-0.3765-0.0967-0.00540.03320.2858-0.00080.00130.3032-0.01030.2388-6.342-23.3882-7.3848
207.1685-1.94834.24636.1682-3.4473.52490.1619-0.69150.76080.57890.04781.0356-0.5467-0.3989-0.11940.3169-0.01680.08710.2778-0.09580.42737.64348.236723.2841
217.3075-1.66180.76745.1394-4.53064.8895-0.0117-0.21820.95870.7599-0.1212-0.7929-1.05990.170.13480.43870.0024-0.00570.2656-0.1040.356116.852510.864824.8154
223.1190.62081.48392.30080.1122.35420.10730.06140.02140.0351-0.0624-0.02930.01980.0215-0.03710.17060.01260.01730.1561-0.0050.155312.2802-0.311316.5629
233.0657-0.51574.90622.2353-0.44087.9255-0.03740.24480.10680.3640.1009-0.7240.3071.0273-0.08940.24920.0572-0.02040.32470.00390.252123.0253-2.690210.2562
246.30514.4703-2.96118.2019-0.16458.56830.04690.35640.0211-0.215-0.06390.2869-0.2082-0.25220.00750.28220.05660.01360.2258-0.02340.184211.4695-8.12423.2429
257.96591.8741-0.94841.8837-0.75622.4518-0.01090.41610.0767-0.95870.3172-0.9142-0.24961.1766-0.06440.45220.10370.08260.4639-0.06730.268922.732-5.7578-0.2731
268.93324.24114.77085.04554.02935.71290.20510.4253-1.0193-0.15210.3137-0.1810.53090.3783-0.4110.4210.0703-0.01570.2838-0.01770.212511.4749-14.5229-1.2449
275.876-0.7913-2.58046.32382.88496.45240.19261.15280.4115-1.2559-0.2544-0.1628-0.52221.05450.09580.55130.0424-0.01720.7011-0.0040.174615.1939-7.3764-10.8285
285.19482.8546-1.77397.8103-4.44993.7442-0.15881.37970.0604-0.6610.2276-0.2689-0.16670.2297-0.38570.3752-0.05070.00550.52510.08850.25794.24914.8542.6146
296.80331.52940.72292.8299-3.52695.7780.17310.07790.4599-0.0705-0.2186-0.051-0.68060.3512-0.05790.3236-0.01950.03440.20750.01240.22293.37866.25429.3706
303.8144-1.03754.93935.7791-1.29937.8902-0.07940.65810.538-0.38360.043-0.23-0.36670.34440.05860.2216-0.0345-0.0120.28920.07430.1942-10.027510.48352.3223
311.7015-0.2346-0.13222.6881-0.68553.7768-0.03310.0942-0.0766-0.14540.1641-0.22010.14230.12430.01910.2269-0.02070.00930.23470.00570.2249-9.65513.24879.2045
327.88161.33733.40223.90960.29319.01570.21230.22570.6221-0.1732-0.22960.4417-0.6983-0.5307-0.02240.26040.0401-0.01130.31090.01470.3044-15.969413.389911.5714
332.2744-0.97090.03972.9218-0.12175.06-0.03790.0733-0.05480.05470.0886-0.0770.1170.13510.02670.2379-0.00320.020.24350.01450.2617-10.54721.095518.6676
342.03721.00051.05734.4887-1.36487.18450.07-0.32710.90640.14120.05890.6566-0.9943-0.2606-0.03630.36740.02380.02780.273-0.02240.3125-15.572311.635522.8879
351.52011.22830.6363.4539-1.85356.4081-0.42470.0415-0.32740.23310.16850.00810.3817-0.28160.01520.308-0.02990.04120.2877-0.0290.2812-13.3248-4.175525.0176
368.7697-1.25242.59489.0888-1.54985.9926-0.328-0.09610.3870.79390.2151-0.272-0.3410.20670.22950.34240.0147-0.00640.2394-0.00390.223-9.09835.298931.7835
374.302-0.54232.07324.1458-0.08812.7564-0.2843-0.51410.13491.03590.2788-0.3950.0276-0.06610.03140.50140.06910.01910.3431-0.02960.277-8.7151-1.169738.4257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 103 through 125 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 126 through 134 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 135 through 148 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 149 through 166 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 12 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 20 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 11 through 35 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 36 through 59 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 60 through 68 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 69 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 93 through 101 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 102 through 125 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 126 through 134 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 135 through 168 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 13 through 24 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 25 through 35 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 36 through 92 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 93 through 102 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 103 through 125 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 126 through 134 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 135 through 148 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 149 through 165 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 5 through 12 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 13 through 20 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 13 through 35 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 36 through 59 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 60 through 69 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 70 through 92 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 93 through 102 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 103 through 115 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 116 through 134 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 135 through 167 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る