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- PDB-7dkk: De novo design protein XM2H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dkk
タイトルDe novo design protein XM2H
要素De novo design protein XM2H
キーワードDE NOVO PROTEIN / Monomer / Ferredoxin-like
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bin, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A backbone-centred energy function of neural networks for protein design.
著者: Huang, B. / Xu, Y. / Hu, X. / Liu, Y. / Liao, S. / Zhang, J. / Huang, C. / Hong, J. / Chen, Q. / Liu, H.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo design protein XM2H
B: De novo design protein XM2H
C: De novo design protein XM2H
D: De novo design protein XM2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5954
ポリマ－37,5954
非ポリマー00
水66737
1
A: De novo design protein XM2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3991
ポリマ－9,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: De novo design protein XM2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3991
ポリマ－9,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: De novo design protein XM2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3991
ポリマ－9,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: De novo design protein XM2H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3991
ポリマ－9,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.192, 63.712, 70.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...
21(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...
31(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...
41(chain D and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A2 - 10
121(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A12
131(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A13
141(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A1 - 89
151(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A1 - 89
161(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A1 - 89
171(chain A and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...A1 - 89
211(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B2 - 10
221(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B12 - 20
231(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B22 - 25
241(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B0
251(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B52
261(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B1 - 89
271(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B1 - 89
281(chain B and (resseq 2:10 or resseq 12:20 or resseq...B1 - 89
311(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C2 - 10
321(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C12
331(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C13
341(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C1 - 89
351(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C1 - 89
361(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C1 - 89
371(chain C and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...C1 - 89
411(chain D and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...D2 - 10
421(chain D and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...D12
431(chain D and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...D13
441(chain D and (resseq 2:10 or resseq 12 or (resid...D1 - 89

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要素

#1: タンパク質
De novo design protein XM2H


分子量: 9398.665 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0M Sodium chloride, 10%w/v Polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→13.03 Å / Num. obs: 23355 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13.44
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 1193

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→13.024 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1193 5.11 %
Rwork0.2257 22162 -
obs0.2277 23355 95.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.25 Å2 / Biso mean: 40.8803 Å2 / Biso min: 4.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→13.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 0 37 2657
Biso mean---27.19 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9383577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7411615
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1219X-RAY DIFFRACTION15.398TORSIONAL
12B1219X-RAY DIFFRACTION15.398TORSIONAL
13C1219X-RAY DIFFRACTION15.398TORSIONAL
14D1219X-RAY DIFFRACTION15.398TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1001-2.18380.38381300.3329225589
2.1838-2.28270.31051200.3093236290
2.2827-2.40230.35621250.284236292
2.4023-2.55180.33251480.2707239294
2.5518-2.74710.28351270.2592246396
2.7471-3.02040.31311380.2562251897
3.0204-3.45030.2581230.2206258299
3.4503-4.32050.21741300.18922593100
4.3205-13.0240.2181520.17742635100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9110.0605-1.27813.20191.10874.32440.3642-0.12620.3476-0.19720.1465-0.2052-0.6321-0.2429-0.45540.295-0.01230.03820.25450.01570.30350.660444.456356.6601
21.07921.93690.02033.547-0.2861.68920.3733-0.55790.0680.7719-0.6363-0.1450.05330.1210.20950.321-0.0819-0.03130.54130.00960.221335.937527.903765.6666
31.84080.10411.05692.3153-0.01873.89260.0391-0.2047-0.08580.06680.1157-0.07340.0832-0.1-0.18030.19060.01240.01820.15970.00670.207723.271717.530850.1185
42.0681-1.2332-1.21552.627-0.6521.7350.00270.08-0.0842-0.0502-0.00950.3510.1161-0.1646-0.04690.1889-0.0182-0.03350.16880.00170.255912.263834.118739.0256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 89)A1 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 89)B1 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 89)C1 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 89)D1 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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