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万見
- PDB-7di8: Electron crystallographic structure of Catalase using a direct el... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7di8
タイトルElectron crystallographic structure of Catalase using a direct electron detector at 300 kV
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron 3d crystallography / direct detector / cryo arm / parallem
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子線結晶学 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Takaba, K. / Maki-Yonekura, S. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24657111 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Protein and Organic-Molecular Crystallography With 300kV Electrons on a Direct Electron Detector.
著者: Kiyofumi Takaba / Saori Maki-Yonekura / Satoru Inoue / Tatsuo Hasegawa / Koji Yonekura /
要旨: Electron 3D crystallography can reveal the atomic structure from undersized crystals of various samples owing to the strong scattering power of electrons. Here, a direct electron detector DE64 was ...Electron 3D crystallography can reveal the atomic structure from undersized crystals of various samples owing to the strong scattering power of electrons. Here, a direct electron detector DE64 was tested for small and thin crystals of protein and an organic molecule using a JEOL CRYO ARM 300 electron microscope. The microscope is equipped with a cold-field emission gun operated at an accelerating voltage of 300 kV, quad condenser lenses for parallel illumination, an in-column energy filter, and a stable rotational goniometer stage. Rotational diffraction data were collected in an unsupervised manner from crystals of a heme-binding enzyme catalase and a representative organic semiconductor material Ph-BTBT-C10. The structures were determined by molecular replacement for catalase and by the direct method for Ph-BTBT-C10. The analyses demonstrate that the system works well for electron 3D crystallography of these molecules with less damaging, a smaller point spread, and less noise than using the conventional scintillator-coupled camera.
履歴
登録2020年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,44412
ポリマ－239,9974
非ポリマー5,4488
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52720 Å2
ΔGint-299 kcal/mol
Surface area62250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.980, 174.020, 199.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 59999.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CAT / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: TISSUE / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Catalase / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 5.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
結晶化手法: batch mode / pH: 5.3

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 0.0025 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
EM回折カメラ長: 4036 mm
EM回折 シェル解像度: 3.2→131.24 Å / フーリエ空間範囲: 82.15 % / 多重度: 43.6 / 構造因子数: 33768 / 位相残差: 33.13 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 82.15 % / 再高解像度: 3.2 Å / 測定した強度の数: 1783075 / 構造因子数: 33768 / 位相誤差: 33.13 ° / 位相残差: 33.13 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 1.17 / Rsym: 1.17
放射光源波長: 0.0197 Å
検出器日付: 2020年8月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.0197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→131.126 Å / Num. obs: 40941 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 43.552 % / Biso Wilson estimate: 8.65 Å2 / CC1/2: 0.688 / Rmerge(I) obs: 1.159 / Rrim(I) all: 1.173 / Χ2: 0.601 / Net I/σ(I): 3.79 / Num. measured all: 1783075 / Scaling rejects: 58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.1842.1941.7861.9275487789365290.1851.80882.7
3.18-3.443.6031.5372.38267898744261440.2691.55682.6
3.4-3.6744.0611.2982.99252335693557270.4591.31382.6
3.67-4.0243.9351.0783.87232638643152950.6071.09182.3
4.02-4.544.2840.9154.96215488592448660.6960.92682.1
4.5-5.244.4390.8245.68190733520942920.7560.83482.4
5.2-6.3643.940.9324.68158886439936160.6720.94382.2
6.36-943.220.9264.57122357347728310.6520.93781.4
9-131.12640.9830.5577.5467253203016410.9410.56680.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 70 Å / B: 174.2 Å / C: 199.5 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化解像度: 3.2→131.126 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3482 1651 4.89 %
Rwork0.3089 32117 -
obs0.3109 33768 82.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.46 Å2 / Biso mean: 16.7903 Å2 / Biso min: 0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→131.13 Å
リガンド溶媒全体
原子数588 0 32035
Biso mean31.34 --
残基数--1996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00416956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.73123124
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0452328
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0053068
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d15.1586192
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2-3.29420.36271360.3328263182
3.2942-3.40050.38031350.3318262382
3.4005-3.52210.42671360.3156265082
3.5221-3.66310.3811370.3135265883
3.6631-3.82990.32741360.3048264582
3.8299-4.03180.31171360.3135265283
4.0318-4.28440.3621360.3114266382
4.2844-4.61520.35581380.2985267382
4.6152-5.07970.3281380.2952269582
5.0797-5.81470.30251390.2999270082
5.8147-7.32590.31671380.3048270082
7.3259-131.1260.32491460.2891282781
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.9074 Å / Origin y: 71.125 Å / Origin z: 138.747 Å
111213212223313233
T-0.0103 Å20.0234 Å2-0.0178 Å2--0.0073 Å2-0.0189 Å2--0.0129 Å2
L-0.0012 °20.002 °20.0124 °2-0.0008 °20.0115 °2--0.0048 °2
S-0.012 Å °0.0149 Å °0.0028 Å °-0 Å °0.0097 Å °0.0118 Å °0.0163 Å °-0.0173 Å °0.0713 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY1allA3 - 528
2ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY1allB3 - 528
3ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY1allC3 - 528
4ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY1allD3 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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