PDB-7di0: Crystal structure of the rationally designed apDPBB_sym_79 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7di0

タイトル

Crystal structure of the rationally designed apDPBB_sym_79 protein

要素

apDPBB_sym_79 protein

キーワード

CHAPERONE / Double psi beta barrel

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yagi, S. / Tagami, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase.
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.

履歴

登録	2020年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7di0.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7di0.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7di0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7di0_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7di0_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	7di0_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7di0_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7di0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/7di0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dboC 7dg7SC 7dg9C 7di1C 7du6C 7du7C 7dvcC 7dvfC 7dvhC 7dwwC 7dxrC 7dxsC 7dxtC 7dxuC 7dxvC 7dxwC 7dxxC 7dxyC 7dxzC 7dycC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7di0-3 3zow-1 7du6-d 7dvh-4 7dvc-5 3who-3 2rkn-d 4z89-1 3zow-12 1ced-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: apDPBB_sym_79 protein

B: apDPBB_sym_79 protein

C: apDPBB_sym_79 protein

ヘテロ分子

31.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: apDPBB_sym_79 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: apDPBB_sym_79 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: apDPBB_sym_79 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.254, 77.875, 108.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	apDPBB_sym_79 protein 分子量: 10311.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3350, 200mM Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 65486 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.84 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / Num. unique obs: 10554 / CC_1/2: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DG7

7dg7

解像度: 1.6→44.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	3762	5.74 %
R_work	0.179	61724	-
obs	0.1805	65486	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.12 Å² / B_iso mean: 19.4221 Å² / B_iso min: 8.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→44.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2067	0	50	287	2404
B_iso mean	-	-	28.76	29.21	-
残基数	-	-	-	-	264

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3217	136	0.3026	2202	2338	97
1.62-1.64	0.2903	134	0.2722	2277	2411	100
1.64-1.66	0.3358	141	0.2731	2296	2437	100
1.66-1.69	0.3536	138	0.2641	2335	2473	100
1.69-1.71	0.2621	139	0.2525	2258	2397	100
1.71-1.74	0.2825	138	0.2398	2303	2441	100
1.74-1.77	0.3025	138	0.2286	2306	2444	100
1.77-1.8	0.2223	142	0.2233	2276	2418	100
1.8-1.83	0.2495	133	0.2194	2256	2389	100
1.83-1.87	0.2642	144	0.2101	2321	2465	100
1.87-1.9	0.2669	137	0.2037	2281	2418	100
1.9-1.95	0.2319	144	0.1932	2288	2432	100
1.95-1.99	0.2194	141	0.1923	2274	2415	100
1.99-2.04	0.2059	143	0.1814	2287	2430	100
2.04-2.1	0.2198	135	0.1801	2283	2418	100
2.1-2.16	0.2333	136	0.1785	2325	2461	100
2.16-2.23	0.1812	138	0.1629	2254	2392	100
2.23-2.31	0.1895	141	0.1744	2308	2449	100
2.31-2.4	0.2232	141	0.1666	2263	2404	100
2.4-2.51	0.1787	148	0.1701	2315	2463	100
2.51-2.64	0.1706	137	0.1676	2238	2375	100
2.64-2.81	0.1892	142	0.1645	2304	2446	100
2.81-3.02	0.1931	143	0.155	2315	2458	100
3.02-3.33	0.1661	142	0.157	2295	2437	100
3.33-3.81	0.1934	136	0.1435	2284	2420	100
3.81-4.79	0.1431	137	0.1399	2280	2417	100
4.8-44.63	0.1907	138	0.1928	2300	2438	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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