PDB-7dhp: Crystal structure of MazF from Deinococcus radiodurans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dhp

タイトル

Crystal structure of MazF from Deinococcus radiodurans

要素

Endoribonuclease MazF

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin / ribonuclease

機能・相同性

mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / hydrolase activity / DNA binding / Endoribonuclease MazF

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Dai, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Front Genet / 年: 2021
タイトル: MazEF Toxin-Antitoxin System-Mediated DNA Damage Stress Response in Deinococcus radiodurans.
著者: Dai, J. / Chen, Z. / Hou, J. / Wang, Y. / Guo, M. / Cao, J. / Wang, L. / Xu, H. / Tian, B. / Zhao, Y.

履歴

登録	2020年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dhp.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dhp.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dhp_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dhp_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	7dhp_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	7dhp_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/7dhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/7dhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kysS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ovx-2 5t6u-d 1iwd-d 4axm-3 4mzs-2 2hh5-2 3gha-d 5qc3-2 3c7m-1 1snk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.490, 70.490, 111.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF 分子量: 14636.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: mazF / プラスミド: Pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6G9BVQ8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium sulfate, BIS-TRIS, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 66360 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.179 % / B_iso Wilson estimate: 13.42 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.958 / Net I/σ(I): 14.38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.3-1.34	4.21	0.516	3.52	4953	0.887	0.59	99
1.34-1.37	4.284	0.414	4.29	4895	0.919	0.472	99.6
1.37-1.41	4.29	0.307	5.54	4759	0.949	0.35	99.7
1.41-1.46	4.301	0.231	6.84	4621	0.972	0.263	99.9
1.46-1.5	4.29	0.179	8.19	4518	0.982	0.205	99.9
1.5-1.56	4.301	0.144	9.97	4362	0.986	0.165	99.7
1.56-1.62	4.318	0.117	11.62	4181	0.991	0.134	99.8
1.62-1.68	4.299	0.093	14.01	4062	0.992	0.106	99.6
1.68-1.76	4.292	0.078	16.23	3895	0.994	0.089	99.6
1.76-1.84	4.243	0.066	18.15	3711	0.995	0.076	99.9
1.84-1.94	4.213	0.056	20.55	3565	0.996	0.064	99.6
1.94-2.06	4.176	0.051	22.73	3372	0.996	0.059	99.6
2.06-2.2	4.129	0.048	24.31	3174	0.997	0.055	99.4
2.2-2.38	4.088	0.045	25.26	2945	0.997	0.052	99.3
2.38-2.61	4.027	0.043	25.82	2736	0.997	0.049	99.1
2.61-2.91	3.879	0.041	26.08	2444	0.996	0.048	97.4
2.91-3.36	3.73	0.038	26.17	1940	0.996	0.045	86.8
3.36-4.12	3.352	0.041	25.15	1200	0.994	0.048	62.8
4.12-5.83	3.112	0.042	24.18	689	0.994	0.051	45.3
5.83-30	2.817	0.037	21.98	338	0.996	0.045	37.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KYS

6kys

解像度: 1.3→27.83 Å / SU ML: 0.0884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.5877 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	3277	4.94 %
R_work	0.1716	63076	-
obs	0.1723	66353	96.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1648	0	15	200	1863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0184	1781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6521	2436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1131	263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0099	321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.0908	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.223	131	0.2158	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.32-1.34	0.2296	130	0.198	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.34-1.37	0.194	141	0.194	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.37-1.39	0.1931	152	0.1931	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.39-1.41	0.178	150	0.178	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.41-1.44	0.2001	154	0.179	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.44-1.47	0.1908	136	0.18	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.47-1.5	0.184	121	0.1661	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.5-1.54	0.1768	169	0.1629	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.54-1.58	0.1786	157	0.166	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.58-1.62	0.1669	145	0.161	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.62-1.67	0.1633	153	0.1575	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.67-1.72	0.1709	145	0.1612	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.72-1.78	0.1564	149	0.1532	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.78-1.85	0.1749	147	0.1654	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.85-1.94	0.1531	153	0.1505	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.94-2.04	0.1547	151	0.15	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.04-2.17	0.1682	139	0.1477	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.17-2.33	0.1595	128	0.1557	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.33-2.57	0.1793	164	0.1648	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.57-2.94	0.1774	152	0.1675	2845	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.94-3.7	0.1881	128	0.1829	2397	X-RAY DIFFRACTION	81.24
3.7-27.83	0.3509	82	0.2752	1393	X-RAY DIFFRACTION	45.11

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -25.1792162903 Å / Origin y: -1.70515737433 Å / Origin z: -6.02644325283 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.108242265231 Å²	0.00212392574277 Å²	0.00166640195705 Å²	-	0.103275415429 Å²	0.00658910891503 Å²	-	-	0.113168660694 Å²
L	0.387807477435 °²	0.219892418539 °²	0.00177743028413 °²	-	0.788540508466 °²	-0.140982189018 °²	-	-	0.720473507441 °²
S	0.0138445017582 Å °	0.0148031128693 Å °	0.0173607047783 Å °	0.0383667322615 Å °	-0.0232778415847 Å °	0.0301352643075 Å °	-0.0153372052331 Å °	0.0288310271924 Å °	0.000109929168231 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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新型コロナ情報

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