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- PDB-7dha: crystal structure of CD38 in complex with daratumumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dha
タイトルcrystal structure of CD38 in complex with daratumumab
要素
  • ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
  • Heavy Chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD38 / antibody / daratumumab
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lee, H.T. / Heo, Y.S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of CD38 in complex with daratumumab, a first-in-class anti-CD38 antibody drug for treating multiple myeloma.
著者: Lee, H.T. / Kim, Y. / Park, U.B. / Jeong, T.J. / Lee, S.H. / Heo, Y.S.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
B: Light chain
C: Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1313
ポリマ－79,1313
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.240, 54.160, 92.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.878, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 30792.861 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-300 / 変異: N56D, N120A, N175D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 抗体 Light chain


分子量: 23405.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Heavy Chain


分子量: 24931.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M Bis-Tris 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 25496 / % possible obs: 98.05 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 42.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.61 Å / Num. unique obs: 2511 / CC1/2: 0.843

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CMH

4cmh


解像度: 2.55→29.09 Å / SU ML: 0.3791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7524
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 2000 7.84 %
Rwork0.207 23496 -
obs0.2112 25496 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5282 0 0 143 5425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00365408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70337348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.98973228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.32321400.26911649X-RAY DIFFRACTION97.65
2.61-2.680.32441430.27041688X-RAY DIFFRACTION98.18
2.68-2.760.35581390.2651627X-RAY DIFFRACTION97.79
2.76-2.850.35871430.25291671X-RAY DIFFRACTION98.16
2.85-2.950.3161400.24991650X-RAY DIFFRACTION98.14
2.95-3.070.32431440.24631691X-RAY DIFFRACTION98.6
3.07-3.210.33671440.24781694X-RAY DIFFRACTION98.5
3.21-3.380.29431420.2261664X-RAY DIFFRACTION98.21
3.38-3.590.2641420.20511671X-RAY DIFFRACTION98.05
3.59-3.870.25171440.18761694X-RAY DIFFRACTION98.29
3.87-4.260.22931420.16961659X-RAY DIFFRACTION98.2
4.26-4.870.18141430.15541687X-RAY DIFFRACTION97.19
4.87-6.130.22631440.18431688X-RAY DIFFRACTION97.55
6.13-29.090.24511500.21141763X-RAY DIFFRACTION98.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46033157623-2.353245657180.5863280401775.981251016482.141816708385.207225438170.1359074266420.2350913326240.15505320947-0.0142946006865-0.00743385074199-0.1672909007710.1602464050330.355767841665-0.1208537172450.401997466158-0.076207108461-0.07434254656960.3852944236350.1387602841340.38731716637912.2914445146-28.885517331550.1025059896
25.027892272860.718817957631-3.047632576244.6730019830.8941736949324.01758546083-0.176905625162-0.0892608618642-0.636683235357-0.3468739658880.03513603347280.3723991962440.374385651321-0.2826410187070.2208369377620.571095351858-0.196726489263-0.0888377434910.4404444806470.1796613959570.5841338095416.2802924147-14.883692459934.8366230259
33.397008005092.60460502003-2.633934231193.65340992627-2.318725240322.61836299852-0.0999327794711-0.09849780622320.111687170829-0.00980002107358-0.0564367561937-0.00304217669301-0.04240184708630.0889592185430.08606819418610.366939533327-0.0633923320637-0.1575427971140.3391072236470.0731731788750.3736930385289.1284063826-19.702847711646.2110614096
43.846764048670.55669523619-0.0840166082931.172652479891.154476117572.93079981585-0.0322446346707-0.01168403399180.00605864367504-0.1415920376050.05642071212140.3089007550140.132981884991-0.60987668724-0.02311067571470.442915853383-0.0581926743865-0.06917929774170.3556934252290.1934545155320.50499584145813.1857729852-2.486778683433.1911494868
51.52502553112-0.389762704158-0.7720667615543.69343729785-1.175139531991.94206433868-0.1198312538890.115605367096-0.129854648261-0.8032039968130.0783076016038-0.2656700777560.6073577603450.198573066960.01548394083430.7448112699640.01350539323670.01253829419770.259989678708-0.01068750325290.45663083140442.5135846322-10.395574645819.2539543938
62.61820771871.68259354714-2.296353457241.50800199271-2.24999968193.11601819168-0.236489465227-0.0172453482247-0.262576742467-0.402367892946-0.0775872085819-0.1922570824030.6285934140610.4009959293640.2018392978410.5316614035970.04068369473150.05742587255220.345188971804-0.06643624798910.42706037728451.57920654953.6773947796512.4978768624
75.324744793261.06922974788-1.946766311645.04256928247-0.4233912489114.293367126590.0258042141494-0.360300416705-0.2305497591360.030971914911-0.315025885992-0.8000903762250.4927372296251.181204308480.2639838308660.3761165874080.1102596658520.03741810129240.7265587672750.05293080479980.39113426416468.012327353914.97036197225.57554560243
85.448683890720.9557645605882.198007821692.5177470199-1.375004202592.92412106866-0.4270354002640.2345031597250.330000728571-0.4307381248470.2238818070320.114875159695-0.279694107773-0.1360664346950.01579000146330.3404886031730.04207220382510.07853290565020.211881993830.06533479244520.24405454195135.502612491616.376924286721.8212822755
92.383377291380.560194154795-0.06063449843052.40440846192-0.3660515182631.60319721648-0.1252982090080.025091340308-0.0924596558599-0.1767499319540.2254886515560.0421230793270.0371801577247-0.283127886656-0.1333837610070.406223476055-0.046381366927-0.009270761904720.2408239938730.05742245696210.30405976875631.11805114977.3297780170225.1280003812
101.958207254490.352432234551-0.2387487028441.27399074926-0.4062804111220.480157510466-0.0243409924284-0.0816708980546-0.183202702551-0.1402546651830.09811853085580.02934879871920.00756112143657-0.135667042726-0.09371736654750.395042878133-0.0186593699618-0.01498107497040.2462185814330.0008859614030920.29701099717334.23591441310.256786234727.1936728392
116.906959609881.888190826181.04108422222.81666449548-0.5859416518792.703643062940.6390295563240.4256183717010.123448903753-0.9366379985430.853799881019-1.472735661440.8582705897451.25279991573-1.249245983490.7448427746060.0511489718970.06088589851240.879066930874-0.07133279945060.50384496531361.30004957521.5903901066-3.91685366073
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130.449465262093-0.0603644915156-0.04498321580414.063506626012.37454049185.36462364630.07798694606350.2944831199720.132600049272-0.524011010455-0.1457988864170.25173833458-0.5241429501730.2698019985460.1835301787010.306960607431-0.0401976458489-0.01285961552060.4054368624220.02377055770.33318496916550.174957518922.74648979580.355551350259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 69 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 165 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 166 through 257 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 128 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 129 through 212 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 18 through 57 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 58 through 128 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 129 through 143 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 144 through 184 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 185 through 222 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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