PDB-7dfm: Crystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dfm

タイトル

Crystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 11

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kaneko, S.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Structure-based substrate specificity analysis of GH11 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Teramoto, K. / Tsutsui, S. / Kaneko, S.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dfm.cif.gz	164.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dfm.ent.gz	125.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dfm_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dfm_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	7dfm_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	7dfm_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dfnC 7dfoC 1hixS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lgr-d 5hxv-11 1lhn-d 6jxl-d 7dfn-1 7dfo-7 6kwc-d 5hxv-6 1f5j-1 4cua-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (10) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

B: Endo-1,4-beta-xylanase

C: Endo-1,4-beta-xylanase

D: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

90.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.039, 135.039, 72.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase 分子量: 22537.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB LC578783 由来: (組換発現) Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア) 株: E-86 / 遺伝子: soxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G1MBT0*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 % / 解説: needle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2.9 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 30040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / R_merge(I) obs: 0.225 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HIX

1hix

解像度: 2.4→49.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.141 / SU B: 8.897 / SU ML: 0.199 / Average fsc free: 0.906 / Average fsc work: 0.9307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	1571	5.236 %
R_work	0.1678	28432	-
all	0.172	-	-
obs	-	30003	99.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.013 Å²	-0.006 Å²	0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.041 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5986	0	22	136	6144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	6162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.651	8394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.395	1.569	11610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.087	5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.153	22.25	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.63	15	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.136	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.694	2.838	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.684	2.837	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.863	4.248	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.863	4.25	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.064	3.033	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.064	3.035	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.398	4.449	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.398	4.451	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.81	30.794	6803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.84	30.8	6801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.29	104	0.261	2087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.53	0.331	131	0.252	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.345	123	0.233	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.365	106	0.206	1898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.275	99	0.194	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.247	82	0.181	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.977	0.28	81	0.18	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.977-3.098	0.293	106	0.174	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.236	0.25	82	0.175	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.393	0.248	102	0.164	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.577	0.25	94	0.157	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.577-3.794	0.224	78	0.141	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-4.055	0.227	70	0.14	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.055-4.38	0.167	79	0.115	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.797	0.169	59	0.117	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
4.797-5.362	0.187	54	0.146	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
5.362-6.19	0.258	40	0.178	924	X-RAY DIFFRACTION	100
6.19-7.575	0.23	32	0.166	792	X-RAY DIFFRACTION	100
7.575-10.691	0.185	35	0.139	612	X-RAY DIFFRACTION	100
10.691-49.409	0.269	14	0.256	367	X-RAY DIFFRACTION	98.7047

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)