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- PDB-7dey: Structure of Dicer from Pichia stipitis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dey
タイトルStructure of Dicer from Pichia stipitis
要素RNase III
キーワードSPLICING / RNase III
機能・相同性
機能・相同性情報


U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA processing / double-stranded RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family ...Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Scheffersomyces stipitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.897 Å
データ登録者Jobichen, C. / Jingru, C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)R154-000-A39-112 シンガポール
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insight into stem-loop RNA processing by yeast Pichia stipitis Dicer.
著者: Chan, J. / Qinqin, F. / Jianwei, L. / Ying, C. / Machida, S. / Wei, C. / Yuan, Y.A. / Jobichen, C.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNase III
B: RNase III
C: RNase III
D: RNase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2964
ポリマ－105,2964
非ポリマー00
水00
1
A: RNase III
C: RNase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6482
ポリマ－52,6482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNase III
D: RNase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6482
ポリマ－52,6482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.738, 127.738, 103.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
RNase III


分子量: 26323.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis (strain ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545) (菌類)
株: ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545 / 遺伝子: PICST_30953 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3LS79

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.69 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.6 M NaCl and 0.1 M sodium acetate (pH 5.4-5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.897→50 Å / Num. obs: 37041 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 79.79 Å2 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 20.52
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Num. unique obs: 1824 / Rsym value: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OOG

4oog


解像度: 2.897→29.682 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 2014 5.45 %
Rwork0.2354 --
obs0.2374 36962 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.897→29.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 0 0 6270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.178620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.2923860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.897-2.9690.29051370.23872390X-RAY DIFFRACTION96
2.969-3.04920.24961430.24442487X-RAY DIFFRACTION100
3.0492-3.13890.3031410.22642480X-RAY DIFFRACTION100
3.1389-3.24010.28541440.22752507X-RAY DIFFRACTION100
3.2401-3.35570.281460.2362515X-RAY DIFFRACTION100
3.3557-3.48990.24091440.23152477X-RAY DIFFRACTION100
3.4899-3.64840.30341420.23862505X-RAY DIFFRACTION100
3.6484-3.84040.27421460.23792504X-RAY DIFFRACTION100
3.8404-4.08050.2591420.21952478X-RAY DIFFRACTION100
4.0805-4.39460.31191400.22042529X-RAY DIFFRACTION100
4.3946-4.83510.25871490.21812516X-RAY DIFFRACTION100
4.8351-5.53090.26461490.24652500X-RAY DIFFRACTION100
5.5309-6.95350.29171470.2782534X-RAY DIFFRACTION100
6.9535-29.6820.25561440.23082526X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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