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万見
- PDB-7ddz: The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ddz
タイトルThe Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028
要素Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neuropeptide Y Y2 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / cardiac left ventricle morphogenesis / non-motile cilium / outflow tract morphogenesis / calcium channel regulator activity / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors ...peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / cardiac left ventricle morphogenesis / non-motile cilium / outflow tract morphogenesis / calcium channel regulator activity / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / locomotory behavior / cilium / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / FMN binding / lysozyme activity / signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / electron transfer activity / defense response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuropeptide Y2 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 ...Neuropeptide Y2 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-H46 / Endolysin / Flavodoxin / Neuropeptide Y receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tang, T. / Han, S. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
National Science Foundation (NSF, China)31700653 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030101 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for ligand recognition of the neuropeptide Y Y 2 receptor.
著者: Tang, T. / Hartig, C. / Chen, Q. / Zhao, W. / Kaiser, A. / Zhang, X. / Zhang, H. / Qu, H. / Yi, C. / Ma, L. / Han, S. / Zhao, Q. / Beck-Sickinger, A.G. / Wu, B.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3073
ポリマ－74,2851
非ポリマー1,0222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.420, 50.863, 184.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.667, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Human Neuropeptide Y Y2 Receptor fusion protein / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / NPY2-R / NPY-Y2 receptor / Y2 receptor


分子量: 74285.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
遺伝子: e, RB59_126, NPY2R, DVU_2680 / 株: Hildenborough
発現宿主: Baculovirus expression vector pUltraBac-1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A097J809, UniProt: P49146, UniProt: P00323, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-H46 / ~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide


分子量: 565.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36FN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 250-350 mM (NH4)2SO4, and 20-30% PEG500DME, or 0.1 M MES, pH 6.0-6.5, 380-420 mM NH4 tartrate, and 24-26% PEG500DME

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 21815 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 63.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rpim(I) all: 0.517

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZBQ

5zbq


解像度: 2.8→37.74 Å / SU ML: 0.3925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.9802
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 2020 9.26 %
Rwork0.2548 19795 -
obs0.2581 21815 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 73 0 3487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01083569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21184864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.16591240
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 --
Rwork0.308 --
obs-1878 84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.9097 Å / Origin y: 7.9181 Å / Origin z: 24.4218 Å
111213212223313233
T0.3655 Å20.0307 Å2-0.0271 Å2-0.364 Å2-0.0131 Å2--0.4661 Å2
L1.0203 °20.3041 °2-0.8281 °2-1.1569 °2-0.8327 °2--6.5334 °2
S-0.0028 Å °-0.3696 Å °-0.0758 Å °0.3767 Å °-0.0691 Å °-0.0071 Å °0.1848 Å °-0.0851 Å °0.0614 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA48 - 343
2X-RAY DIFFRACTION1allA1201 - 1202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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