PDB-7ddm: Crystal Structure of PenA39 beta-Lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ddm

タイトル

Crystal Structure of PenA39 beta-Lactamase

要素

ALA-ALA-ARG-ASP-ALA-ALA-VAL-SER-ASP-ALA-ALA-ALA
Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans CGD2 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Nukaga, M. / Hoshino, T. / Papp-Wallace, K.M.

資金援助

日本,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K07484	日本
Veterans Affairs Biomedical Laboratory Research and Development Service	BX002872	米国
Cystic Fibrosis Foundation	LIPUMA13I0 and LIPUMA15P0	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Frameshift mutations in genes encoding PBP3 and PBP4 trigger an unusual, extreme beta-lactam resistance phenotype in Burkholderia multivorans
著者: Nukaga, M. / Becka, S.A. / Zeiser, E.T. / Hoshino, Y. / LiPuma, J.J. / Papp-Wallace, K.M.

履歴

登録	2020年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ddm.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ddm.ent.gz	89.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ddm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w4qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oog-1 6m8b-d 1vp5-1 2p76-4 2wu1-1 6whl-6 7lrn-1 6gi1-1 5w2h-d 2wnf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

E: ALA-ALA-ARG-ASP-ALA-ALA-VAL-SER-ASP-ALA-ALA-ALA

ヘテロ分子

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.519, 65.519, 51.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁
Space group name Hall	P3₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 31581.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans CGD2 (バクテリア) 遺伝子: BURMUCGD2_4198 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9BS30, beta-lactamase
#2: タンパク質・ペプチド	ALA-ALA-ARG-ASP-ALA-ALA-VAL-SER-ASP-ALA-ALA-ALA 分子量: 1089.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.94 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 250 microL reservoir (30% MPD, 12.5% polyethylene glycol 1500, 0.1 M Sodium Acetate buffer pH 4.5) with a 4 microL hanging drop (7.5 mg/ml protein, 15% MPD, 6.3% PEG 1500, 0.05 M sodium ...詳細: 250 microL reservoir (30% MPD, 12.5% polyethylene glycol 1500, 0.1 M Sodium Acetate buffer pH 4.5) with a 4 microL hanging drop (7.5 mg/ml protein, 15% MPD, 6.3% PEG 1500, 0.05 M sodium acetate buffer pH 4.5), Loop-mounted crystals were flash-cooled without additional cryoprotectant and kept at 100 K with a nitrogen gas stream.

結晶

マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.94 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 250 microL reservoir (30% MPD, 12.5% polyethylene glycol 1500, 0.1 M Sodium Acetate buffer pH 4.5) with a 4 microL hanging drop (7.5 mg/ml protein, 15% MPD, 6.3% PEG 1500, 0.05 M sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→38.1 Å / Num. obs: 76919 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 3884 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W4Q

3w4q

解像度: 1.2→38.1 Å / SU ML: 0.0855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 12.3556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.144	3845	5 %
R_work	0.1252	73050	-
obs	0.1261	76895	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1993	0	52	264	2309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	2117
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9117	2898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0761	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6723	759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.1874	142	0.1607	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.32
1.22-1.23	0.1584	140	0.1437	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.23-1.25	0.1776	142	0.1332	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.25-1.27	0.1782	143	0.1392	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.27-1.29	0.1519	144	0.1286	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.29-1.31	0.1541	140	0.1219	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.31-1.33	0.1204	142	0.1134	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.33-1.35	0.1402	144	0.1142	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.35-1.37	0.1363	140	0.115	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.37-1.4	0.1361	145	0.1113	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.4-1.43	0.134	144	0.1071	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.162	142	0.112	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.46-1.49	0.1338	142	0.1115	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.5-1.53	0.1217	142	0.1051	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.53-1.57	0.1428	144	0.099	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.62	0.1185	142	0.1007	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.67	0.1292	142	0.1062	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.73	0.1496	143	0.113	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.1398	144	0.1199	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.88	0.1527	143	0.1213	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.88-1.98	0.1301	142	0.121	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.98-2.11	0.1325	141	0.1248	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.27	0.15	142	0.1236	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.27-2.5	0.1431	142	0.1345	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.86	0.1411	144	0.1406	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.6	0.1579	142	0.1336	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-38.1	0.1442	142	0.135	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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