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- PDB-7dcu: Crystal structure of HSF2 DNA-binding domain in complex with 3-si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dcu
タイトルCrystal structure of HSF2 DNA-binding domain in complex with 3-site HSE DNA (21 bp)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*G)-3')
  • Heat shock factor protein 2熱ショック因子
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / 熱ショック因子 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Heat shock factor protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Feng, N. / Liu, W.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structures of heat shock factor trimers bound to DNA.
著者: Feng, N. / Feng, H. / Wang, S. / Punekar, A.S. / Ladenstein, R. / Wang, D.C. / Zhang, Q. / Ding, J. / Liu, W.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor protein 2
B: Heat shock factor protein 2
C: Heat shock factor protein 2
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3418
ポリマ－53,2725
非ポリマー693
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.640, 67.060, 139.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Heat shock factor protein 2 / 熱ショック因子 / HSF 2 / Heat shock transcription factor 2 / HSTF 2


分子量: 13462.236 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 7-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF2, HSTF2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q03933
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*G)-3')


分子量: 6469.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: DNA satellites (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6416.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: DNA satellites (ウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→69.83 Å / Num. obs: 44148 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.4 % / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Rpim(I) all: 0.401

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HDK

5hdk


解像度: 1.75→69.825 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 2232 5.06 %
Rwork0.1721 41916 -
obs0.1738 44148 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.46 Å2 / Biso mean: 31.9455 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→69.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 855 3 438 3795
Biso mean--28.49 38.11 -
残基数----337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9694937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2631922
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.78810.27041020.2393218282
1.7881-1.82970.26471350.2323234790
1.8297-1.87540.26721260.2236253596
1.8754-1.92620.27581340.2219262399
1.9262-1.98280.22871220.19792645100
1.9828-2.04680.22241360.18592670100
2.0468-2.120.20961270.17892650100
2.12-2.20490.21651590.17652638100
2.2049-2.30520.21921510.1752627100
2.3052-2.42680.18971300.1762674100
2.4268-2.57880.21551590.17482673100
2.5788-2.7780.20291500.18292654100
2.778-3.05750.23481490.19052683100
3.0575-3.49990.18571390.15882694100
3.4999-4.40950.18191410.13872759100
4.4095-69.820.18161720.16192862100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00290.00710.00230.01260.00910.0077-0.1603-0.3150.27630.2150.01590.0019-0.22560.0633-0.00080.7088-0.12850.09950.4579-0.05890.4252-4.2086-18.860429.7167
20.01030.0021-0.00810.01080.00930.0122-0.0034-0.18420.1778-0.01450.11980.0572-0.00420.145100.19720.0193-0.00030.1941-0.03310.1893-6.5846-26.130931.8531
30.04150.01510.02380.05090.0290.0766-0.0996-0.26030.05620.3075-0.0415-0.09670.03940.0213-0.00080.28740.0998-0.0190.4143-0.02460.2455-6.5426-32.992939.65
40.0555-0.0172-0.02950.00350.00660.02470.026-0.1374-0.08620.1024-0.05830.10920.0381-0.2210.00090.20140.02750.00530.3090.02510.1941-17.1836-32.59935.2733
50.017-0.00050.02760.008-0.00350.0386-0.0368-0.08010.0477-0.04220.03720.03520.0146-0.051800.17750.0306-0.00110.18130.01510.1666-15.225-31.690524.4278
60.03590.03030.03960.06640.0120.04240.0354-0.1353-0.0949-0.0018-0.015-0.0840.18170.0183-0.00050.22140.00070.01050.23450.02050.2042-7.9661-40.429328.0498
70.0372-0.01780.02940.14690.00330.02750.0369-0.2578-0.0561-0.04620.1745-0.14030.09330.44880.03570.17790.0142-0.00540.3289-0.03830.1887-0.3632-35.135630.6007
80.0985-0.2462-0.01430.64240.02380.00420.12020.22070.113-0.354-0.03830.0035-0.16110.18570.01470.2493-0.0810.03270.3476-0.02520.22680.2-28.116521.5724
90.17550.0477-0.13420.1119-0.10620.1345-0.0577-0.2427-0.03160.1415-0.00690.09450.1233-0.3043-00.2078-0.00260.02010.292-0.00030.2023-36.6629-45.208424.4965
100.0445-0.0274-0.00160.02540.01390.01950.0518-0.1334-0.1735-0.05330.03140.04520.1093-0.08270.00020.1662-0.00730.0210.170.02220.2095-25.9052-48.369223.8886
110.32390.04220.20340.05220.07770.20170.0963-0.05530.06280.08840.13720.029-0.219-0.06090.1380.24770.03280.08050.1602-0.0180.2154-31.5287-36.415415.6888
120.00870.00320.0030.00110.00080.00060.0196-0.03630.08510.00210.0086-0.0503-0.03920.02460.00020.69120.21840.10170.7694-0.05360.6078-29.7631-26.933528.8193
130.05410.07620.03120.11550.07830.13660.00840.1972-0.06250.0892-0.0637-0.03360.1611-0.3096-0.0040.1674-0.01990.00970.2928-0.06320.2285-35.3485-47.318912.1623
140.0060.0038-0.00050.0152-0.01020.00870.06010.0004-0.043-0.19980.161-0.01730.0482-0.3511-0.00010.2640.0175-0.02840.2964-0.00260.1934-34.8643-21.345611.6794
150.0992-0.0342-0.06890.1410.10390.1052-0.1986-0.31350.05670.0215-0.08870.3756-0.1689-0.3528-0.05730.32390.1356-0.02640.5381-0.08430.2899-40.7308-11.058513.1068
160.1915-0.0156-0.05060.1514-0.04730.0368-0.112-0.0172-0.07130.1628-0.05460.1097-0.1455-0.0937-0.03030.31240.0533-0.00970.2769-0.06360.2492-30.0909-13.553222.2213
170.01260.0040.01330.02670.02850.0338-0.13070.04180.1328-0.10640.0449-0.1128-0.25010.1269-0.00010.32470.0566-0.02550.2156-0.00820.2384-27.592-10.98468.6047
180.01060.00460.00740.0074-0.00660.0144-0.05560.092-0.006-0.0915-0.1620.2318-0.0406-0.1611-0.00010.29450.0292-0.01230.3495-0.06050.2337-37.3238-16.90081.8536
190.00850.00430.00060.0270.01220.01510.05080.1496-0.2155-0.00430.09150.08750.19920.163700.25970.0321-0.03510.2721-0.00590.2177-30.3947-23.54872.1806
200.31680.032-0.14110.0098-0.03430.39180.0730.0096-0.1316-0.2708-0.1576-0.07490.06740.0427-0.03840.20660.0404-0.00520.1331-0.01330.206-17.3164-41.809114.6593
211.92551.5485-0.3191.361-0.47850.47190.14-0.32750.2741-0.0331-0.2121-0.2786-0.45450.1168-0.17040.3739-0.0505-0.00370.11180.05420.3725-11.592-7.308312.8125
220.0117-0.041-0.01280.39950.10580.0272-0.06660.00820.05980.0108-0.12910.0920.0404-0.1714-0.18780.786-0.0146-0.2043-0.1368-0.33670.8714-19.0009-4.26869.8045
230.3444-0.0202-0.0520.0280.01090.09610.05650.038-0.0622-0.1456-0.1675-0.0386-0.00660.0403-0.01340.1960.02390.02750.16390.02820.2187-14.3335-36.945314.8592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 8 )A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 19 )A9 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 35 )A20 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 52 )A36 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 67 )A53 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 68 through 88 )A68 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 100 )A89 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 101 through 112 )A101 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 7 through 47 )B7 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 48 through 67 )B48 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 68 through 77 )B68 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 78 through 86 )B78 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 87 through 112 )B87 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 7 through 19 )C7 - 19
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 20 through 40 )C20 - 40
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 41 through 57 )C41 - 57
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 58 through 91 )C58 - 91
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 92 through 100 )C92 - 100
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 101 through 111 )C101 - 111
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 0 through 14 )D0 - 14
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 15 through 20 )D15 - 20
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 0 through 4 )E0 - 4
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 5 through 20 )E5 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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