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- PDB-7dci: Crystal structure of HSF2 DNA-binding domain in complex with 2-si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dci
タイトルCrystal structure of HSF2 DNA-binding domain in complex with 2-site HSE DNA in the head-to-head orientation
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
  • Heat shock factor protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heat shock factor protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wei, L. / Wei, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HSF2 DNA-binding domain in complex with 2-site HSE DNA in the head-to-head orientation
著者: Wei, L. / Wei, L.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor protein 2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0753
ポリマ－16,0522
非ポリマー231
水3,081171
1
A: Heat shock factor protein 2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: Heat shock factor protein 2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1496
ポリマ－32,1034
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3850 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.268, 38.472, 38.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-121-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Heat shock factor protein 2 / HSF 2 / Heat shock transcription factor 2 / HSTF 2


分子量: 12389.110 Da / 分子数: 1 / 変異: D86N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF2, HSTF2 / 発現宿主: DNA satellites (ウイルス) / 参照: UniProt: Q03933
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: DNA satellites (ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium citrate and 23% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.98 Å / Num. obs: 13957 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.44 % / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 13957 / Rpim(I) all: 0.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HDK

5hdk


解像度: 1.7→37.977 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 724 5.19 %
Rwork0.1791 13233 -
obs0.1806 13957 94.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.2 Å2 / Biso mean: 27.2933 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数787 243 1 171 1202
Biso mean--18.32 37.87 -
残基数----105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.741506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.245593
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7004-1.83160.24871360.2408231183
1.8316-2.01590.24711600.203267096
2.0159-2.30760.21211430.1754270697
2.3076-2.90720.20931350.1871276398
2.9072-37.9770.19021500.1614278397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03690.0381-0.03470.0393-0.06070.0822-0.0216-0.30950.26290.07020.03390.2553-0.0469-0.1840.00990.22760.04970.00540.2168-0.04920.2009-19.2502-11.609712.5063
21.02370.324-0.25250.14640.08140.9496-0.07960.04350.5360.5440.1862-0.1699-0.68810.00850.04680.28390.0522-0.13810.06780.01220.4259-18.8401-2.06645.2952
30.0893-0.1401-0.04480.13790.03930.0784-0.0890.12650.1475-0.3051-0.02830.0624-0.0888-0.01260.00680.2073-0.0058-0.08670.18590.04160.2596-20.3205-8.8814-1.1317
40.10450.00860.00790.37530.05760.08280.17120.07340.2397-0.0187-0.2557-0.2791-0.03640.008-0.010.2866-0.0232-0.11780.15840.06370.389-6.536-2.53693.9974
50.1724-0.14960.11870.1213-0.11090.1973-0.1674-0.08530.24950.20650.02-0.1125-0.09440.0404-0.11810.17160.0062-0.0790.1369-0.0080.2042-8.7291-12.14539.9752
60.0541-0.01310.04810.0418-0.0290.02820.01020.0720.2745-0.4346-0.1088-0.0749-0.10110.1652-0.00350.3162-0.0101-0.0220.2060.01850.1814-13.5177-14.8022-2.6243
70.28840.1994-0.02990.36290.13440.2803-0.0012-0.06920.00110.04630.07490.2420.0526-0.1228-0.00930.1374-0.00520.00620.18970.05560.186-22.6203-18.63226.9683
80.18120.07060.15050.4597-0.17260.41040.0902-0.0597-0.00370.00470.00420.03360.0820.019-00.17220.0065-0.00650.20650.01620.1384-4.2656-22.38318.5138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 19 )A7 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 29 )A20 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 40 )A30 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 41 through 47 )A41 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 68 )A48 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 88 )A69 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 110 )A89 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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