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万見
- PDB-3s2u: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa MurG:UDP-GlcNAc s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s2u
タイトルCrystal structure of the Pseudomonas aeruginosa MurG:UDP-GlcNAc substrate complex
要素UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase
キーワードTRANSFERASE / N-acetylglucosaminyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase / undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / UDP-N-acetyl-D-glucosamine:N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol 4-beta-N-acetylglucosaminlytransferase activity / lipid glycosylation / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosaminyltransferase, MurG / Glycosyl transferase, family 28, C-terminal / Glycosyltransferase family 28, N-terminal domain / Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain / Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Brown, K. / Vial, S.C.M. / Dedi, N. / Westcott, J. / Scally, S. / Bugg, T.D.H. / Charlton, P.A. / Cheetham, G.M.T.
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Pseudomonas aeruginosa MurG: UDP-GlcNAc Substrate Complex.
著者: Brown, K. / Vial, S.C. / Dedi, N. / Westcott, J. / Scally, S. / Bugg, T.D. / Charlton, P.A. / Cheetham, G.M.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5262
ポリマ－38,9191
非ポリマー6071
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.930, 49.930, 278.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase / Undecaprenyl-PP-MurNAc-pentapeptide-UDPGlcNAc GlcNAc transferase


分子量: 38919.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: murG, PA4412
参照: UniProt: Q9HW01, undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 18% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.0 and 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 15355 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.23→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8458 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.417 / SU Rfree Blow DPI: 0.278 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 1018 6.64 %RANDOM
Rwork0.2094 ---
obs0.2139 15329 83.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5382 Å20 Å20 Å2
2--1.5382 Å20 Å2
3----3.0764 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 39 115 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.193480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d840SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes377HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2546HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion330SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2911SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.38 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 160 7.34 %
Rwork0.1994 2021 -
all0.2049 2181 -
obs--83.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.5945 Å / Origin y: -19.4419 Å / Origin z: -19.1213 Å
111213212223313233
T0.304 Å2-0.0778 Å2-0.0659 Å2--0.294 Å20.0244 Å2---0.2157 Å2
L0.7215 °2-0.5682 °2-0.501 °2-1.9163 °20.7665 °2--0.982 °2
S-0.0199 Å °-0.0795 Å °0.016 Å °0.0695 Å °0.0457 Å °0.0856 Å °-0.0284 Å °0.059 Å °-0.0258 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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