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万見
- PDB-1m93: 1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m93
タイトル1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA
要素(Serine proteinase inhibitor 2) x 3
キーワードVIRAL PROTEIN / SERPIN / CRMA / APOPTOSIS / ICE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / host cell cytoplasm / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Helix hairpin bin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Helix Hairpins / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine proteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Cowpox virus (牛痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of viral serpin crmA provides insights into its mechanism of cysteine proteinase inhibition
著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a recombinant cysteine-free mutant of crmA
著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
履歴
登録2002年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine proteinase inhibitor 2
B: Serine proteinase inhibitor 2
C: Serine proteinase inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0974
ポリマ－38,0023
非ポリマー951
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.520, 92.590, 100.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine proteinase inhibitor 2 / cytokine response modifier protein A / Serpin 2 / Serp-2 / ICE inhibitor / Hemorrhage-inducing 38 kDa protein


分子量: 6079.818 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385
#2: タンパク質 Serine proteinase inhibitor 2 / cytokine response modifier protein A / Serpin 2 / Serp-2 / ICE inhibitor / Hemorrhage-inducing 38 kDa protein


分子量: 27403.771 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 56-300 / Mutation: C93S, C102S, C124S, C223S, C269S, C298S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385
#3: タンパク質・ペプチド Serine proteinase inhibitor 2 / cytokine response modifier protein A / Serpin 2 / Serp-2 / ICE inhibitor / Hemorrhage-inducing 38 kDa protein


分子量: 4517.984 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 301-341 / Mutation: C304S, C313S, C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→31.54 Å / Num. all: 54375 / Num. obs: 53225 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1C8O

1c8o


解像度: 1.65→31.54 Å / Num. parameters: 25438 / Num. restraintsaints: 31394 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?. Following side-chains are disordered: ...詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?. Following side-chains are disordered: ILE57, and ASP122 Following amino-acids are missing: 47 GLU LYS GLU ALA ASP LYS ASN LYS ASP 55; 301 VAL ALA ASP SER ALA SER THR VAL 308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 5422 10 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
all-53172 --
obs-53172 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2777
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2569 0 5 146 2720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0277
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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