PDB-7dc1: Crystal structure of human copper homeostatic proteins atox1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dc1

タイトル

Crystal structure of human copper homeostatic proteins atox1

要素

Copper transport protein ATOX1

キーワード

METAL TRANSPORT / protein binding / copper ion binding / ATPase binding

機能・相同性

機能・相同性情報

metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wei, W. / Zhao, J. / Wang, F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human copper homeostatic proteins atox1
著者: Wei, W. / Zhao, J. / Wang, F.

履歴

登録	2020年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dc1.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dc1.ent.gz	28.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f0wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cjk-1 7dc1-2 1r63-d 1ops-d 5f0w-3 5nl4-3 2kka-d 3ny2-5 1ucs-d 1sb6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper transport protein ATOX1

B: Copper transport protein ATOX1

ヘテロ分子

15.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper transport protein ATOX1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
7.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Copper transport protein ATOX1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.493, 104.493, 29.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-231- HOH
2	1	B-244- HOH

#1: タンパク質	Copper transport protein ATOX1 / Metal transport protein ATX1 分子量: 7412.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00244
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M LiCl, 0.1M Tris pH8, 20% PEG6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→19.473 Å / Num. obs: 18311 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1002 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F0W

5f0w

解像度: 1.75→19.473 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.248 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	863	4.713 %
R_work	0.181	17448	-
all	0.182	-	-
obs	-	18311	98.135 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.062 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.394 Å²	0.197 Å²	0 Å²
2-	-	0.394 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1010	0	4	133	1147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.26	1.645	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.236	1.593	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.24	24.857	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.173	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.544	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.158	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.556	2.684	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.556	2.674	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.395	4.01	672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.394	4.01	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.16	2.948	493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.158	2.952	494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.45	4.311	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.448	4.316	714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.544	37.234	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.403	36.641	1138

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.796	0.269	60	0.269	1260	X-RAY DIFFRACTION	96.9163
1.796-1.845	0.263	54	0.247	1232	X-RAY DIFFRACTION	95.7558
1.845-1.898	0.245	71	0.231	1210	X-RAY DIFFRACTION	99.922
1.898-1.957	0.257	50	0.232	1147	X-RAY DIFFRACTION	95.151
1.957-2.021	0.232	57	0.209	1146	X-RAY DIFFRACTION	99.7512
2.021-2.092	0.188	70	0.188	1098	X-RAY DIFFRACTION	96.6887
2.092-2.17	0.198	44	0.18	1085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.259	0.189	56	0.166	1034	X-RAY DIFFRACTION	97.2346
2.259-2.359	0.17	52	0.166	970	X-RAY DIFFRACTION	99.8047
2.359-2.475	0.188	37	0.176	965	X-RAY DIFFRACTION	97.5657
2.475-2.608	0.192	45	0.18	918	X-RAY DIFFRACTION	99.7927
2.608-2.766	0.179	40	0.164	847	X-RAY DIFFRACTION	98.5555
2.766-2.957	0.228	38	0.176	824	X-RAY DIFFRACTION	98.8532
2.957-3.194	0.165	46	0.165	754	X-RAY DIFFRACTION	99.8752
3.194-3.498	0.264	17	0.176	713	X-RAY DIFFRACTION	99.0502
3.498-3.91	0.267	27	0.179	631	X-RAY DIFFRACTION	99.0964
3.91-4.514	0.181	30	0.158	566	X-RAY DIFFRACTION	98.5124
4.514-5.525	0.211	24	0.168	477	X-RAY DIFFRACTION	98.2353
5.525-7.799	0.301	25	0.199	376	X-RAY DIFFRACTION	98.5258
7.799-19.473	0.124	20	0.124	195	X-RAY DIFFRACTION	90.3361

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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