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- PDB-7dbo: DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dbo
タイトルDPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum
要素VCP-like ATPase
キーワードCHAPERONE / Double psi beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular membrane-bounded organelle / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / : ...Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / : / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yagi, S. / Tagami, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H01328 日本
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase.
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase
著者: Yagi, S. / Padhi, A.K. / Vucinic, J. / Barbe, S. / Schiex, T. / Nakagawa, R. / Simoncini, D. / Zhang, K.Y.J. / Tagami, S.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VCP-like ATPase
B: VCP-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,88411
ポリマ－21,0192
非ポリマー8659
水1,29772
1
A: VCP-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0867
ポリマ－10,5101
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: VCP-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7984
ポリマ－10,5101
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.800, 118.800, 68.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-235-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VCP-like ATPase


分子量: 10509.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
遺伝子: vat, Ta0840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O05209
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 14642 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 22.1 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 2292 / CC1/2: 0.615 / Rsym value: 1.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.07 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 1432 10.12 %
Rwork0.2168 12716 -
obs0.2217 14148 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.5 Å2 / Biso mean: 38.0305 Å2 / Biso min: 12.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1383 0 45 72 1500
Biso mean--45.24 41.24 -
残基数----177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.970.41531190.37181129124887
1.97-2.050.38071510.29911213136494
2.05-2.140.36281420.28391212135494
2.14-2.250.34181420.25961264140696
2.25-2.390.30371410.24611261140297
2.39-2.580.33641470.23181302144999
2.58-2.840.28111450.23841307145299
2.84-3.250.27951440.217813191463100
3.25-4.090.2111490.18113291478100
4.09-41.070.21321520.184713801532100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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