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- PDB-7dah: Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase from Vibrio chol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dah
タイトルAdenosine triphosphate phosphoribosyltransferase from Vibrio cholerae in complex with ATP and PRPP
要素ATP phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ATP / PRPP
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP phosphoribosyltransferase HisG, long form / Histidine biosynthesis HisG, C-terminal / HisG, C-terminal domain / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Chem-PRP / ATP phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Pal, R.K. / Gourinath, S. / Biswal, B.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase from Vibrio cholerae in complex with ATP and PRPP
著者: Pal, R.K. / Gourinath, S. / Biswal, B.K.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP phosphoribosyltransferase
B: ATP phosphoribosyltransferase
C: ATP phosphoribosyltransferase
D: ATP phosphoribosyltransferase
E: ATP phosphoribosyltransferase
F: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,40126
ポリマ－207,4756
非ポリマー2,92620
水3,585199
1
A: ATP phosphoribosyltransferase
C: ATP phosphoribosyltransferase
D: ATP phosphoribosyltransferase
F: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

B: ATP phosphoribosyltransferase

E: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,40126
ポリマ－207,4756
非ポリマー2,92620
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z+1/31
Buried area23000 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area74840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.603, 136.603, 121.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNMETMETAA10 - 30316 - 309
21GLNGLNMETMETBB10 - 30316 - 309
12THRTHRGLUGLUAA9 - 30415 - 310
22THRTHRGLUGLUCC9 - 30415 - 310
13THRTHRGLUGLUAA9 - 30415 - 310
23THRTHRGLUGLUDD9 - 30415 - 310
14GLNGLNGLUGLUAA10 - 30416 - 310
24GLNGLNGLUGLUEE10 - 30416 - 310
15THRTHRGLUGLUAA9 - 30415 - 310
25THRTHRGLUGLUFF9 - 30415 - 310
16GLNGLNMETMETBB10 - 30316 - 309
26GLNGLNMETMETCC10 - 30316 - 309
17GLNGLNMETMETBB10 - 30316 - 309
27GLNGLNMETMETDD10 - 30316 - 309
18GLNGLNMETMETBB10 - 30316 - 309
28GLNGLNMETMETEE10 - 30316 - 309
19GLNGLNMETMETBB10 - 30316 - 309
29GLNGLNMETMETFF10 - 30316 - 309
110THRTHRGLUGLUCC9 - 30415 - 310
210THRTHRGLUGLUDD9 - 30415 - 310
111GLNGLNGLUGLUCC10 - 30416 - 310
211GLNGLNGLUGLUEE10 - 30416 - 310
112THRTHRGLUGLUCC9 - 30415 - 310
212THRTHRGLUGLUFF9 - 30415 - 310
113GLNGLNGLUGLUDD10 - 30416 - 310
213GLNGLNGLUGLUEE10 - 30416 - 310
114THRTHRGLUGLUDD9 - 30415 - 310
214THRTHRGLUGLUFF9 - 30415 - 310
115GLNGLNGLUGLUEE10 - 30416 - 310
215GLNGLNGLUGLUFF10 - 30416 - 310

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCDEF

#1: タンパク質
ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRTase


分子量: 34579.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain M66-2) (コレラ菌)
株: M66-2 / 遺伝子: hisG, VCM66_1088 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3LU29, ATP phosphoribosyltransferase
#8: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Morpheus Amino acids , 0.1M Morpheus Buffer System 3 , 30 % v/v Morpheus Precipitant Mix 3 (condition H11 of Morpheus screen from Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→35 Å / Num. obs: 55130 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.92→3.02 Å / Num. unique obs: 5579 / CC1/2: 0.497

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H3D

1h3d


解像度: 2.92→28.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 41.978 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 2553 4.6 %RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2186 52562 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.17 Å2 / Biso mean: 64.28 Å2 / Biso min: 25.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20.58 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----3.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.92→28.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12785 0 176 199 13160
Biso mean--111.7 50.87 -
残基数----1735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01313090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.64417690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3291.57428699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5351715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76822.368549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.649152242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8731583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022476
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A75180.13
12B75180.13
21A77820.11
22C77820.11
31A82230.08
32D82230.08
41A74570.13
42E74570.13
51A76290.12
52F76290.12
61B74560.13
62C74560.13
71B75050.13
72D75050.13
81B79180.09
82E79180.09
91B74100.13
92F74100.13
101C77580.12
102D77580.12
111C74080.12
112E74080.12
121C80080.09
122F80080.09
131D74990.12
132E74990.12
141D76040.12
142F76040.12
151E73300.12
152F73300.12
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.995 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 176 -
Rwork0.34 3896 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6722-0.52680.41120.9403-0.29990.3183-0.0899-0.0052-0.04610.01340.05770.0158-0.03090.12760.03220.10080.03080.20410.26250.05920.47811.168249.0843.0772
20.4046-0.53910.21010.7414-0.3640.56260.0584-0.0964-0.30520.02730.14130.4758-0.23810.1445-0.19970.1826-0.07280.14810.15080.17740.6561-20.36355.17410.4455
30.09870.1055-0.14950.6374-0.11190.84390.05970.02730.0559-0.0090.04710.47890.08650.2148-0.10680.10360.0530.02020.1536-0.04050.58021.584948.2811-34.8633
41.1416-0.36980.4480.1791-0.23120.30940.01430.0655-0.07040.0788-0.01810.029-0.1297-0.02010.00370.19130.06530.05670.1684-0.20160.506937.080233.9716-44.5257
51.257-0.16170.450.0257-0.03190.62520.11510.0652-0.5464-0.02450.04030.0332-0.25060.1162-0.15540.1805-0.0378-0.07810.1084-0.21480.652658.028710.0664-41.8837
60.35510.23550.00350.24490.04940.76380.0331-0.0157-0.37760.03460.0776-0.2733-0.1208-0.1932-0.11070.1030.050.03650.1606-0.01630.580441.105225.5478-6.6993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 304
5X-RAY DIFFRACTION5E10 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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