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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7da8 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of a GB1:T2Q/D46K mutant | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / GB1 / T2Q mutant / D46K mutant / X-ray crystal structure / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of a GB1:T2Q/D46K mutant 著者: Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pgbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 7071.782 Da / 分子数: 1 / 変異: T303Q, D347K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: spg / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES monohydrate pH 6.5 (buffer system 1), 40% v/v PEG 500* MME, 20 % w/v PEG 20000 (Precipitant mix1) (Morpheus Screen ID 25). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→30.82 Å / Num. obs: 2003 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 5.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1pgb 解像度: 2.4→30.819 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.7 Å2 / Biso mean: 33.7382 Å2 / Biso min: 12.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→30.819 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.406→30.81 Å / Rfactor Rfree error: 0
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