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万見
- PDB-7da6: Enterovirus 71 2A Protease mutant- C110A in complex with peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da6
タイトルEnterovirus 71 2A Protease mutant- C110A in complex with peptide inhibitor
要素
  • PHE-ARG-GLY-LYS
  • Polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / 2A protease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / peptidase activity / host cell cytoplasm / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, W.Z. / Yuan, H.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2022
タイトル: Efficient Strategy to Design Protease Inhibitors: Application to Enterovirus 71 2A Protease.
著者: Chen, T. / Grauffel, C. / Yang, W.Z. / Chen, Y.P. / Yuan, H.S. / Lim, C.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Model orientation/position
詳細: correct the orientation on N-terminus of peptide inhibitor
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
C: PHE-ARG-GLY-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7723
ポリマ－15,7072
非ポリマー651
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.476, 44.407, 51.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 15197.961 Da / 分子数: 1 / 変異: C110A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5L197
#2: タンパク質・ペプチド PHE-ARG-GLY-LYS


分子量: 508.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% 2-propanol, and 10% polyethylene glycol (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 9107 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.418 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 32175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.50.3124450.8820.1920.3670.7398.7
2.24-2.283.60.3334460.8670.20.3890.8699.1
2.28-2.323.60.2534580.950.1530.2970.84299.1
2.32-2.373.60.2554360.9170.1550.30.95999.3
2.37-2.423.60.2324710.9440.1420.2720.94999.6
2.42-2.483.60.1954430.9580.1190.2290.97899.6
2.48-2.543.50.1874590.9630.1140.2190.98999.6
2.54-2.613.60.1784550.9640.1090.2091.13899.3
2.61-2.683.60.154540.9730.0910.1761.19998.7
2.68-2.773.60.1394500.9710.0850.1631.42899.6
2.77-2.873.50.1264550.9740.0770.1481.7199.3
2.87-2.993.50.0994630.9860.0610.1171.61199.6
2.99-3.123.50.094370.9840.0560.1061.80598.6
3.12-3.293.50.0744660.990.0460.0881.66199.4
3.29-3.493.50.064530.9940.0380.0711.73598.5
3.49-3.763.40.0484600.9950.0310.0581.79598.5
3.76-4.143.40.0454520.9960.0290.0532.11996.8
4.14-4.733.60.0414620.9960.0250.0481.97698.9
4.73-5.963.50.0464650.9910.0290.0541.93499.1
5.96-303.40.0434770.9950.0270.052.04796.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4-1496精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fvb

4fvb


解像度: 2.2→22.754 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 910 10 %
Rwork0.1865 8193 -
obs0.1923 9103 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.99 Å2 / Biso mean: 41.96 Å2 / Biso min: 18.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→22.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 1 48 1152
Biso mean--43.83 47.66 -
残基数----142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2241541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.217399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.31370.31851230.2195110895
2.3137-2.45850.30931310.21921176100
2.4585-2.64810.29651290.2249116699
2.6481-2.91410.2781310.2202117699
2.9141-3.33470.27881320.1987118099
3.3347-4.1970.21281290.1672117298
4.197-22.750.20221350.1655121598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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