PDB-2iaf: Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of L-serine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iaf

タイトル

Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of L-serine dehydratase from Legionella pneumophila

要素

Hypothetical protein sdhL

キーワード

structural genomics / unknown function / MCSG / PSI2 / MAD / L-serine dehydratase / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

L-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase activity / gluconeogenesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of L-serine dehydratase from Legionella pneumophila
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iaf.cif.gz	45.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iaf.ent.gz	32.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4civ-d 1xtm-3 2dhq-d 2rva-d 4fvd-d 1xtl-6 2iqq-3 2y71-d 3n76-d 5ha1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc86037.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein sdhL

ヘテロ分子

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.319, 76.835, 108.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-149- MG
2	1	A-197- HOH
3	1	A-204- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical protein sdhL / L-serine dehydratase 分子量: 16766.432 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 11-161 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: sdhL / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5WYB1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 Ammonium sulphate, 0.1M BisTris pH 6.5, 25% Peg 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.97943

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月15日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.97943	1

反射

解像度: 2.05→40 Å / Num. all: 15069 / Num. obs: 14934 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.478 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.589 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.136
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22418	756	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19455	-	-	-
obs	0.19602	14168	99.04 %	-
all	-	14930	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.101 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1095	0	1	87	1183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.009	1.973	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.653	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.306	25.577	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.31	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.645	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.389	1.5	717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.996	2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.886	3	444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.392	4.5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.105 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	64	-
R_work	0.259	1032	-
obs	-	-	99.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.6968	3.1742	15.2153	33.1165	3.1998	24.6327	-1.8473	0.125	1.2375	-0.8807	1.1192	-1.5835	-1.9158	-0.0883	0.728	0.1117	-0.1278	0.0009	0.0143	-0.1381	0.2224	14.2617	36.6063	14.8667
2	2.2888	-1.6516	3.9314	9.6139	-0.7805	7.2549	-0.3254	-0.2192	0.0401	0.3285	0.5028	-1.5963	-0.2375	0.3245	-0.1774	-0.0462	-0.0427	-0.0139	0.1072	-0.1649	0.3272	17.6358	26.5133	19.8349
3	1.8186	6.513	0.1295	30.8515	-7.6376	8.7301	0.0864	-0.5148	-0.4356	0.9795	-0.0733	-2.0071	0.0423	0.4865	-0.0131	-0.0502	0.0975	-0.217	0.1185	-0.0344	0.3635	19.2838	16.9413	27.3203
4	5.4534	-0.5246	1.386	6.879	0.8958	6.3464	-0.115	0.2451	-0.3642	-0.0795	0.2014	-1.4402	0.1899	0.0522	-0.0864	-0.0103	-0.0012	0.025	0.0075	-0.0671	0.4307	16.5906	11.5527	18.7334
5	1.938	-3.3271	0.7649	7.0353	-2.3486	2.7912	-0.2664	0.0505	-0.0292	-0.2536	0.2612	-0.4946	-0.1767	-0.1825	0.0053	0.1026	-0.0436	0.0213	0.1333	-0.1172	0.0665	4.7931	28.9344	13.949
6	18.0272	-9.4991	-0.3634	9.6995	-1.6482	0.7283	0.64	0.8285	0.2946	-1.0503	-0.3601	-0.7037	-0.1869	-0.0082	-0.28	0.1717	-0.0278	0.1756	0.0289	-0.073	0.2381	13.576	29.0437	8.3587
7	8.7479	8.1226	7.6294	24.1857	5.7226	6.7653	-0.3085	-0.5269	-0.0802	-0.5068	0.414	-2.1279	0.0645	0.1195	-0.1055	-0.1653	-0.0616	0.179	-0.0146	-0.1861	0.5416	22.919	25.9471	14.8244
8	22.0213	18.0307	14.9561	16.4012	8.4634	18.8911	-1.0288	-0.2244	-0.4533	-1.2035	0.5661	-2.3681	-1.4764	-0.3222	0.4627	-0.0808	-0.0728	0.3568	-0.0267	-0.0789	0.3772	22.6214	28.7818	6.5703
9	0.6039	0.6763	2.0224	4.2659	0.9791	7.2435	0.1051	0.1857	-0.0914	-0.3947	0.1159	-0.8495	0.1294	0.3026	-0.221	0.0194	-0.0127	0.2819	0.0099	-0.0606	0.314	19.7051	18.4795	6.8425
10	6.0222	-4.357	2.4224	3.6161	-1.4993	3.1393	0.0942	0.002	0.4029	-0.5677	-0.0601	-0.6766	0.1591	-0.0168	-0.0341	0.1005	-0.073	0.1906	0.0358	-0.1056	0.2181	13.1939	16.0357	9.4236
11	5.3335	1.8009	3.6528	7.2776	4.0609	7.3216	-0.1894	-0.2741	0.3523	-0.0939	0.1136	-0.1509	-0.1004	-0.4924	0.0758	0.0879	0.0093	-0.0144	0.149	-0.0939	-0.0309	1.1546	30.183	17.1556
12	1.7865	0.9536	-0.4809	0.8487	-1.1481	2.4683	-0.1305	-0.3668	-0.176	0.3053	0.0983	-0.6185	0.1651	0.0328	0.0322	0.0625	-0.0004	0.0355	0.1166	-0.074	0.1386	9.0753	14.3665	19.744
13	1.2844	0.3158	0.2397	10.1506	-2.1171	0.879	-0.1915	-0.4319	0.0663	0.2811	0.1178	-0.5323	-0.0273	-0.2143	0.0737	0.0876	0.0202	-0.0417	0.171	-0.1209	0.0652	9.2331	22.8926	24.489
14	17.3426	4.341	0.4899	18.0009	-16.0274	15.4341	0.3529	0.3695	0.6186	0.2645	-0.3561	-1.2567	-1.0421	0.2477	0.0032	0.2094	0.0841	-0.0441	0.0393	-0.2336	0.2219	13.6009	37.3957	22.744
15	7.9318	-0.9332	-3.0236	20.6933	4.3276	19.3284	-0.8761	-0.7839	0.341	0.88	0.6991	-0.5358	0.1709	-0.0861	0.1769	0.1248	0.1252	-0.1773	0.1413	-0.183	0.0109	8.2915	31.3649	31.1649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 9	7 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 18	13 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	19 - 26	22 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 33	30 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	34 - 44	37 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	45 - 57	48 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	58 - 63	61 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	64 - 74	67 - 77
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	75 - 89	78 - 92
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	90 - 100	93 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	101 - 114	104 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	115 - 126	118 - 129
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	127 - 133	130 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	134 - 140	137 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	141 - 148	144 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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