+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pmk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of kiwellin | ||||||
Components | Kiwellin | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / double psi beta barrel | ||||||
Function / homology | Kiwellin-like / RlpA-like domain superfamily / extracellular region / Kiwellin / Kiwellin Function and homology information | ||||||
Biological species | Actinidia chinensis (golden kiwifruit) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Hamiaux, C. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G. | ||||||
Funding support | New Zealand, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2014 Title: Crystal structure of kiwellin, a major cell-wall protein from kiwifruit. Authors: Hamiaux, C. / Maddumage, R. / Middleditch, M.J. / Prakash, R. / Brummell, D.A. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pmk.cif.gz | 126.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4pmk.ent.gz | 97.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pmk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmk | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3d30S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B |
-Components
#1: Protein | Mass: 19770.816 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-213 / Source method: isolated from a natural source / Details: fruit tissue / Source: (natural) Actinidia chinensis (golden kiwifruit) / Tissue: fruit tissue without skin / References: UniProt: L7TT83, UniProt: P85261*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.6 % / Description: thin plate |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES, 0.05 M KSCN, 27% PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→40.08 Å / Num. all: 20381 / Num. obs: 20381 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 4.423 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 141651 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3D30 Resolution: 2.05→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2165 / WRfactor Rwork: 0.1872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8217 / SU B: 10.072 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.1642 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.164 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.11 Å2 / Biso mean: 36.5693 Å2 / Biso min: 15.85 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→40.08 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|