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- PDB-4pmk: Crystal structure of kiwellin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmk
タイトルCrystal structure of kiwellin
要素Kiwellin
キーワードPLANT PROTEIN / double psi beta barrel
機能・相同性Kiwellin-like / RlpA-like domain superfamily / extracellular region / Kiwellin / Kiwellin
機能・相同性情報
生物種Actinidia chinensis (オニマタタビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hamiaux, C. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
MBIE ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of kiwellin, a major cell-wall protein from kiwifruit.
著者: Hamiaux, C. / Maddumage, R. / Middleditch, M.J. / Prakash, R. / Brummell, D.A. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kiwellin
B: Kiwellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6134
ポリマ－39,5422
非ポリマー712
水2,630146
1
A: Kiwellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8062
ポリマ－19,7711
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kiwellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8062
ポリマ－19,7711
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.420, 59.700, 54.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B

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要素

#1: タンパク質 Kiwellin


分子量: 19770.816 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-213 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: fruit tissue / 由来: (天然) Actinidia chinensis (オニマタタビ) / 組織: fruit tissue without skin / 参照: UniProt: L7TT83, UniProt: P85261*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.05 M KSCN, 27% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40.08 Å / Num. all: 20381 / Num. obs: 20381 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 4.423 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 141651
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.166.90.7090.65732022529340.2640.7090.6571396.3
2.16-2.297.10.520.4831.41995627990.1910.520.4834.196.4
2.29-2.457.10.4040.3751.81868726150.1490.4040.375596.8
2.45-2.657.10.2640.2452.81749024640.0970.2640.2456.997
2.65-2.97.10.1870.1743.91604922760.0690.1870.174997.2
2.9-3.2470.1390.1295.21430820530.0520.1390.12912.497.4
3.24-3.746.90.0860.087.81253918180.0320.0860.0818.197.4
3.74-4.586.70.0720.0679.21032515440.0280.0720.06721.297.6
4.58-6.486.10.0720.0668.7724311900.0290.0720.0662096.4
6.48-40.08470.070.0648.548296880.0260.070.06423.797.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D30

3d30


解像度: 2.05→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2165 / WRfactor Rwork: 0.1872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8217 / SU B: 10.072 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.1642 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 1034 5.1 %RANDOM
Rwork0.1933 19316 --
obs0.195 20350 96.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.11 Å2 / Biso mean: 36.5693 Å2 / Biso min: 15.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20.84 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3---4.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 2 146 2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9363028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84934615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6855294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.01925.16193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02915349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4251511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5831.8561188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.571.8541187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0722.7661478
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 83 -
Rwork0.291 1414 -
all-1497 -
obs--96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62391.2008-0.70753.3182-4.43610.34240.26350.18620.26370.30430.51780.68570.1249-0.4814-0.78130.54240.0081-0.07330.53310.09980.199529.1013.99629.788
23.34040.34861.03132.56190.09692.40560.0304-0.12860.16110.1545-0.05510.0209-0.1342-0.04630.02470.13220.0047-0.01860.07730.00010.013224.5136.3017.891
33.92980.5372-1.32761.96590.17242.31020.0766-0.1121-0.16810.153-0.05410.06370.13830.0218-0.02260.13190.0047-0.03230.0383-0.00160.02371.65925.8847.961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3B48 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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