PDB-4pmk: Crystal structure of kiwellin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pmk

タイトル

Crystal structure of kiwellin

要素

Kiwellin

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) / double psi beta barrel

機能・相同性

Kiwellin-like / RlpA-like domain superfamily / extracellular region /

Kiwellin /

Kiwellin

機能・相同性情報

生物種

Actinidia chinensis (オニマタタビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hamiaux, C. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of kiwellin, a major cell-wall protein from kiwifruit.
著者: Hamiaux, C. / Maddumage, R. / Middleditch, M.J. / Prakash, R. / Brummell, D.A. / Baker, E.N. / Atkinson, R.G.

履歴

登録	2014年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pmk.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pmk.ent.gz	97.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2g8f-d 5m1o-1 2wjg-1 4cyu-2 5wjr-d 3l2c-d 4cyu-3 3ud5-d 6gqx-6 6tuh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kiwellin

B: Kiwellin

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kiwellin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kiwellin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.420, 59.700, 54.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B

#1: タンパク質	Kiwellin / 分子量: 19770.816 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-213 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: fruit tissue / 由来: (天然) Actinidia chinensis (オニマタタビ) / 組織: fruit tissue without skin / 参照: UniProt: L7TT83, UniProt: P85261*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: thin plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.05 M KSCN, 27% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→40.08 Å / Num. all: 20381 / Num. obs: 20381 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.151 / R_sym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 4.423 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 141651

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.05-2.16	6.9	0.709	0.657	3	20225	2934	0.264	0.709	0.657	1	3	96.3
2.16-2.29	7.1	0.52	0.483	1.4	19956	2799	0.191	0.52	0.483		4.1	96.4
2.29-2.45	7.1	0.404	0.375	1.8	18687	2615	0.149	0.404	0.375		5	96.8
2.45-2.65	7.1	0.264	0.245	2.8	17490	2464	0.097	0.264	0.245		6.9	97
2.65-2.9	7.1	0.187	0.174	3.9	16049	2276	0.069	0.187	0.174		9	97.2
2.9-3.24	7	0.139	0.129	5.2	14308	2053	0.052	0.139	0.129		12.4	97.4
3.24-3.74	6.9	0.086	0.08	7.8	12539	1818	0.032	0.086	0.08		18.1	97.4
3.74-4.58	6.7	0.072	0.067	9.2	10325	1544	0.028	0.072	0.067		21.2	97.6
4.58-6.48	6.1	0.072	0.066	8.7	7243	1190	0.029	0.072	0.066		20	96.4
6.48-40.084	7	0.07	0.064	8.5	4829	688	0.026	0.07	0.064		23.7	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D30

3d30

解像度: 2.05→40.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.2165 / WR_factor R_work: 0.1872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8217 / SU B: 10.072 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU R_free: 0.1642 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2239	1034	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1933	19316	-	-
obs	0.195	20350	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.11 Å² / B_iso mean: 36.5693 Å² / B_iso min: 15.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.71 Å²	0 Å²	0.84 Å²
2-	-	-3.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2181	0	2	146	2329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.936	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.685	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.019	25.161	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.029	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.425	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.583	1.856	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.57	1.854	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.072	2.766	1478

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	83	-
R_work	0.291	1414	-
all	-	1497	-
obs	-	-	96.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6239	1.2008	-0.7075	3.3182	-4.436	10.3424	0.2635	0.1862	0.2637	0.3043	0.5178	0.6857	0.1249	-0.4814	-0.7813	0.5424	0.0081	-0.0733	0.5331	0.0998	0.1995	29.101	3.996	29.788
2	3.3404	0.3486	1.0313	2.5619	0.0969	2.4056	0.0304	-0.1286	0.1611	0.1545	-0.0551	0.0209	-0.1342	-0.0463	0.0247	0.1322	0.0047	-0.0186	0.0773	0.0001	0.0132	24.513	6.301	7.891
3	3.9298	0.5372	-1.3276	1.9659	0.1724	2.3102	0.0766	-0.1121	-0.1681	0.153	-0.0541	0.0637	0.1383	0.0218	-0.0226	0.1319	0.0047	-0.0323	0.0383	-0.0016	0.0237	1.659	25.884	7.961

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	48 - 189

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関連情報:EMDBヘッダ

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