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万見
- PDB-7da5: Cryo-EM structure of the human MCT1 D309N mutant in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da5
タイトルCryo-EM structure of the human MCT1 D309N mutant in complex with Basigin-2 in the inward-open conformation.
要素
  • Basigin
  • Monocarboxylate transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Proton-coupled monocarboxylate transporter / MCT1 / Basigin / AZD3965 / single particle cryo-EM / latate transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity ...mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / succinate transmembrane transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / pyruvate catabolic process / succinate transmembrane transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / acrosomal membrane / carboxylic acid transmembrane transporter activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / : / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / centrosome cycle / response to food / Basigin interactions / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / D-mannose binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / : / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / lateral plasma membrane / Integrin cell surface interactions / transport across blood-brain barrier / response to cAMP / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / embryo implantation / regulation of insulin secretion / axon guidance / basal plasma membrane / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / lipid metabolic process / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / cell junction / melanosome / glucose homeostasis / signaling receptor activity / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / angiogenesis / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / endosome / cadherin binding / apical plasma membrane / axon / Golgi membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Basigin / Monocarboxylate transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang, N. / Jiang, X. / Zhang, S. / Zhu, A. / Yuan, Y. / Lei, J. / Yan, C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human monocarboxylate transporter 1 inhibition by anti-cancer drug candidates.
著者: Nan Wang / Xin Jiang / Shuo Zhang / Angqi Zhu / Yafei Yuan / Hanwen Xu / Jianlin Lei / Chuangye Yan /
要旨: Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their ...Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their enhanced expression in various tumors. Here, we report five cryo-EM structures, at resolutions of 3.0-3.3 Å, of human MCT1 bound to lactate or inhibitors in the presence of Basigin-2, a single transmembrane segment (TM)-containing chaperon. MCT1 exhibits similar outward-open conformations when complexed with lactate or the inhibitors BAY-8002 and AZD3965. In the presence of the inhibitor 7ACC2 or with the neutralization of the proton-coupling residue Asp309 by Asn, similar inward-open structures were captured. Complemented by structural-guided biochemical analyses, our studies reveal the substrate binding and transport mechanism of MCTs, elucidate the mode of action of three anti-cancer drug candidates, and identify the determinants for subtype-specific sensitivities to AZD3965 by MCT1 and MCT4. These findings lay out an important framework for structure-guided drug discovery targeting MCTs.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monocarboxylate transporter 1
B: Basigin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2472
ポリマ－83,2472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1450 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area28660 Å2

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要素

#1: タンパク質 Monocarboxylate transporter 1 / MCT 1 / Solute carrier family 16 member 1


分子量: 53991.867 Da / 分子数: 1 / 変異: D309N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC16A1, MCT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53985
#2: タンパク質 Basigin / 5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / ...5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / Leukocyte activation antigen M6 / OK blood group antigen / Tumor cell-derived collagenase stimulatory factor / TCSF


分子量: 29254.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG, UNQ6505/PRO21383 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35613

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MCT1/Basigin-2 complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: proton-coupling residue mutant D309N / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, and 0.02% (w/v) GDN
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
撮影電子線照射量: 37.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3707: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.07初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12分類
13cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 648305 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.3 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053179
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6244320
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.999437
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038494
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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