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Yorodumi- PDB-7d9x: Highly active mutant W525D of Gamma-glutamyltranspeptidase from P... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7d9x | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Highly active mutant W525D of Gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens | ||||||
Components | (Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / theanine synthesis / transpeptidation / enzyme / protein engineering / substrate specificity / reaction specificity | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhypoglycin A gamma-glutamyl transpeptidase activity / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudomonas nitroreducens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Hibi, T. / Sano, C. / Itoh, T. / Wakayama, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2021Title: Mutagenesis and structure-based analysis of the role of Tryptophan525 of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens. Authors: Sano, C. / Itoh, T. / Phumsombat, P. / Hayashi, J. / Wakayama, M. / Hibi, T. #1: Journal: Biosci Biotechnol Biochem / Year: 2019Title: Crystal structure analysis and enzymatic characterization of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens. Authors: Hibi, T. / Imaoka, M. / Shimizu, Y. / Itoh, T. / Wakayama, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7d9x.cif.gz | 653.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7d9x.ent.gz | 492.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7d9x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7d9x_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7d9x_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7d9x_validation.xml.gz | 47.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7d9x_validation.cif.gz | 70.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9x | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7d9eC ![]() 7d9wC ![]() 5zjgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family ... , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 40283.793 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: L-subunit Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas nitroreducens (bacteria) / Gene: SAMN05216209_3923 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 20754.340 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: S-subunit / Mutation: W525D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas nitroreducens (bacteria) / Gene: SAMN05216209_3923 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 925 molecules 






| #3: Chemical | | #4: Chemical | ChemComp-GLY / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 16% PEG 8000, 15% PEG 400, 0.1M HEPES pH 7, 50mM Gly-Gly |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.74→46.9 Å / Num. obs: 111797 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 24.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 47.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.74→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5485 / % possible all: 99.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5ZJG Resolution: 1.74→46.9 Å / SU ML: 0.1473 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.8681 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 32.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→46.9 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Pseudomonas nitroreducens (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation












PDBj









