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Yorodumi- PDB-3rix: 1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rix | ||||||
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Title | 1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J inhibitor complex | ||||||
Components | Luciferin 4-monooxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / oxidoreductase / monooxygenase / photoprotein / luminescence / aspulvinone / natural product extracts / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Photinus pyralis (common eastern firefly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Lovell, S. / Battaile, K.P. / Lopez, P.C. / Auld, D.S. / Schultz, P.J. / MacArthur, R. / Shen, M. / Tamayo, G. / Inglese, J. / Sherman, D.H. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Biol. / Year: 2011 Title: Titration-based screening for evaluation of natural product extracts: identification of an aspulvinone family of luciferase inhibitors. Authors: Cruz, P.G. / Auld, D.S. / Schultz, P.J. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / MacArthur, R. / Shen, M. / Tamayo-Castillo, G. / Inglese, J. / Sherman, D.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rix.cif.gz | 107.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rix.ent.gz | 78.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rix.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3rix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3rix | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3iesS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60818.953 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Photinus pyralis (common eastern firefly) / References: UniProt: P08659, firefly luciferase |
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#2: Chemical | ChemComp-923 / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→96.91 Å / Num. all: 73404 / Num. obs: 73404 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.86 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.7544 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 3IES Resolution: 1.7→38.435 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.247 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.14 Å2 / Biso mean: 28.3361 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→38.435 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %
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