[日本語] English
万見
- PDB-7d8t: MITF bHLHLZ complex with M-box DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8t
タイトルMITF bHLHLZ complex with M-box DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*G)-3')
  • Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / camera-type eye development / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / SUMOylation of transcription factors / cell fate commitment / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / tRNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methionyl-tRNA synthetase beta subunit / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Guo, M. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2023
タイトル: A unique hyperdynamic dimer interface permits small molecule perturbation of the melanoma oncoprotein MITF for melanoma therapy.
著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. ...著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. / Spicer, T.P. / Scampavia, L. / Cao, C. / Pan, L. / Dong, J. / Chen, Y. / Yu, B. / Guo, M. / Fang, P. / Fisher, D.E. / Wang, J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3')
A: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
B: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3394
ポリマ－55,3394
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.260, 207.260, 163.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4947.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized M box DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4849.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized M box DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量: 22771.480 Da / 分子数: 2 / Mutation: N385C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of Microphthalmia-associated transcription factor and Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: MITF, BHLHE32, metG', aq_422 / 株: VF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030, UniProt: O66738
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Tris-Cl pH8.5, sodium citrate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→120.734 Å / Num. all: 22309 / Num. obs: 22309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 88.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.133 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 251159
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.3711.40.9010.83659832230.2810.9440.9012.6100
3.37-3.5811.40.70213458430440.2180.7360.7023.6100
3.58-3.8211.40.4481.63274028790.1390.4690.4485.2100
3.82-4.1311.30.2452.93058926970.0760.2570.2458.1100
4.13-4.5311.30.1434.52810624800.0440.150.14312.4100
4.53-5.0611.30.1244.82545222490.0390.130.12415.7100
5.06-5.8411.30.12352225119710.0380.1290.12316100
5.84-7.1611.20.0877.31893616890.0270.0910.08717.9100
7.16-10.12110.0559.21465413310.0170.0580.05524.4100
10.12-48.1589.70.0767.272497460.0260.0810.07626.699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D8S

7d8s


解像度: 3.201→19.791 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 26.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 1007 5.08 %
Rwork0.204 --
obs0.2057 19815 89.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 217.31 Å2 / Biso min: 31.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.201→19.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 650 0 0 3599
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6485139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4772152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004557
LS精密化 シェル解像度: 3.2012→3.3692 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3818 65 -
Rwork0.2843 1247 -
obs--42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -58.4469 Å / Origin y: -35.8374 Å / Origin z: 33.4926 Å
111213212223313233
T0.2571 Å20.3359 Å2-0.0395 Å2-0.8595 Å2-0.3048 Å2--0.6924 Å2
L0.9253 °20.6834 °20.5925 °2-0.4848 °20.3621 °2--0.3636 °2
S0.2797 Å °0.1438 Å °-0.2233 Å °0.1901 Å °0.1571 Å °-0.5226 Å °-0.2833 Å °0.2792 Å °-0.0446 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION1allA305 - 503
4X-RAY DIFFRACTION1allB305 - 503

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る