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- PDB-7d87: Crystal Structure of zebrafish PHF14-PZP in complex with H3(1-25) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d87
タイトルCrystal Structure of zebrafish PHF14-PZP in complex with H3(1-25)
要素
  • Gene for histone H3 (germline gene)
  • PHD finger protein 14
キーワードGENE REGULATION / PHF14-PZP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesenchymal cell proliferation involved in lung development / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / mesenchymal cell proliferation / lung alveolus development / histone reader activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding ...negative regulation of mesenchymal cell proliferation involved in lung development / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / mesenchymal cell proliferation / lung alveolus development / histone reader activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding / negative regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...: / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 14 / Gene for histone H3 (germline gene)
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Li, H. / Zheng, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for bipartite recognition of histone H3 by the PZP domain of PHF14.
著者: Zheng, S. / Bi, Y. / Chen, H. / Gong, B. / Jia, S. / Li, H.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 14
E: Gene for histone H3 (germline gene)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3919
ポリマ－25,9832
非ポリマー4077
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.921, 151.019, 81.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 14


分子量: 23349.238 Da / 分子数: 1 / 断片: PHF14-PZP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: phf14 / プラスミド: pSUMOH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A286Y9D1
#2: タンパク質・ペプチド Gene for histone H3 (germline gene)


分子量: 2634.090 Da / 分子数: 1 / 断片: histone H3(1-25) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9H1G0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 % / Mosaicity: 0.391 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Carboxylic acids,0.1 M Buffer System 2, 37.50% % v/v MPD_P1K_P3350 (morpheus).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15363 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.524 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 181303
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.148.70.8897480.8540.3060.9430.5799.9
2.14-2.189.60.8077630.8560.2680.8510.58999.9
2.18-2.2210.30.77550.9140.2240.7360.626100
2.22-2.2610.90.687410.9180.2120.7130.63199.9
2.26-2.3111.60.6047680.9560.1840.6320.6599.7
2.31-2.3711.80.5677390.9480.1710.5930.657100
2.37-2.4212.30.5197560.9650.1530.5420.683100
2.42-2.4912.40.4397730.9710.1290.4580.731100
2.49-2.5612.20.3967520.9770.1180.4140.793100
2.56-2.6511.30.3337570.9720.1040.350.81599.7
2.65-2.7412.90.2657630.9830.0770.2760.896100
2.74-2.8513.40.2437550.9870.0680.2521.10299.7
2.85-2.9813.40.1957800.9920.0550.2021.23399.7
2.98-3.1413.20.1547540.9950.0440.161.70599.7
3.14-3.3312.90.1347690.9940.0390.142.083100
3.33-3.5912.20.1087750.9960.0320.1132.631100
3.59-3.9511.10.097770.9960.0280.0952.98999.5
3.95-4.5212.80.0797960.9980.0230.0823.262100
4.52-5.712.30.0727920.9980.0210.0753.29799.9
5.7-5010.70.0618500.9980.0190.0643.55698.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D86

7d86


解像度: 2.11→32.21 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 765 4.99 %
Rwork0.1651 14575 -
obs0.167 15340 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.4 Å2 / Biso mean: 58.8207 Å2 / Biso min: 21.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1625 0 7 87 1719
Biso mean--42.58 46.54 -
残基数----211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.11-2.270.22671460.20362800294698
2.27-2.50.25971450.191828943039100
2.5-2.860.2411670.187328823049100
2.86-3.60.20581510.169829353086100
3.61-32.210.17811560.145930643220100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1688-0.29380.2324.3283-0.61431.52710.1083-0.0902-0.64920.5834-0.0089-0.01620.5843-0.0096-0.0560.4894-0.04-0.02380.2374-0.0360.44252.770214.42011.6444
24.15280.24450.55811.99860.00811.89070.01050.2823-0.3531-0.0086-0.0206-0.11880.1081-0.0203-0.00050.19870.0050.01320.2397-0.04120.19268.508830.1517-4.986
31.17970.19990.44210.95910.94021.0204-0.197-0.67970.29711.2355-0.0682-0.229-0.3458-0.62860.08721.2135-0.0994-0.07160.63290.10960.6676.75395.336414.8804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 284 through 387 )A284 - 387
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 388 through 485 )A388 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 1 through 9 )E1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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