[日本語] English
万見
- PDB-7d75: X-ray structure of a domain-swapped dimer of Monellin with YEDKG ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d75
タイトルX-ray structure of a domain-swapped dimer of Monellin with YEDKG loop-1 mutant
要素Single chain Monellin
キーワードPLANT PROTEIN / X-ray crystal structure
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain swapped structure of Monellin Loop1-mutant
著者: Manjula, R. / Gosavi, S. / Subramanian, R.
履歴
登録2020年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entry_details / struct
Item: _entity.details / _pdbx_entry_details.sequence_details / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Single chain Monellin
B: Single chain Monellin
C: Single chain Monellin
D: Single chain Monellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,73036
ポリマ－42,7494
非ポリマー1,98132
水84747
1
A: Single chain Monellin
B: Single chain Monellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,77323
ポリマ－21,3742
非ポリマー1,39921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
2
C: Single chain Monellin
D: Single chain Monellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,95613
ポリマ－21,3742
非ポリマー58211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.794, 55.783, 105.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.630, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質
Single chain Monellin


分子量: 10687.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. Residues 48-57 YENEGFREIK have been replaced with YEDK.
由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M Mg sulfate heptahydrate, 0.1M MES 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.7 Å / Num. obs: 18428 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 105391 / Scaling rejects: 102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.65.70.6071115519580.9490.2730.6672.494
9.02-45.75.30.06321874160.9970.0280.06913.698.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L4J

6l4j


解像度: 2.5→42.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 47.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3044 841 4.66 %
Rwork0.2619 17202 -
obs0.264 18043 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.25 Å2 / Biso mean: 42.9786 Å2 / Biso min: 18.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 102 47 3129
Biso mean--72.36 39 -
残基数----360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.660.4231560.39132795295195
2.66-2.860.38241290.34092889301898
2.86-3.150.33491490.30142913306299
3.15-3.610.28391340.2522884301897
3.61-4.540.28391390.22122839297896
4.55-42.950.26821340.22882882301695

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る