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- PDB-7d6w: Crystal structure of Phycocyanin from Synechococcus sp. R42DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6w
タイトルCrystal structure of Phycocyanin from Synechococcus sp. R42DM
要素
  • Phycocyanin alpha subunit
  • Phycocyanin beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light harvesting property
機能・相同性PHYCOCYANOBILIN
機能・相同性情報
生物種Synechococcus sp. R42DM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Patel, S.N. / Sonani, R.R. / Chaubey, M.G. / Singh, N.K. / Kumar, V. / Madamwar, D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR15686/AAQ/3/811/2016 インド
引用ジャーナル: 3 Biotech / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of Synechococcus phycocyanin: implications of light-harvesting and antioxidant properties.
著者: Patel, S.N. / Sonani, R.R. / Chaubey, M.G. / Gupta, G.D. / Singh, N.K. / Kumar, V. / Madamwar, D.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanin alpha subunit
B: Phycocyanin beta subunit
C: Phycocyanin alpha subunit
D: Phycocyanin beta subunit
E: Phycocyanin alpha subunit
F: Phycocyanin beta subunit
G: Phycocyanin alpha subunit
H: Phycocyanin beta subunit
I: Phycocyanin alpha subunit
J: Phycocyanin beta subunit
K: Phycocyanin alpha subunit
L: Phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,65230
ポリマ－212,05612
非ポリマー10,59618
水30,5351695
1
A: Phycocyanin alpha subunit
B: Phycocyanin beta subunit
G: Phycocyanin alpha subunit
H: Phycocyanin beta subunit
K: Phycocyanin alpha subunit
L: Phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,32615
ポリマ－106,0286
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24200 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area39960 Å2
手法PISA
2
C: Phycocyanin alpha subunit
D: Phycocyanin beta subunit
E: Phycocyanin alpha subunit
F: Phycocyanin beta subunit
I: Phycocyanin alpha subunit
J: Phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,32615
ポリマ－106,0286
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area39820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.630, 113.990, 183.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Phycocyanin alpha subunit


分子量: 17172.041 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus sp. R42DM (バクテリア)
#2: タンパク質
Phycocyanin beta subunit


分子量: 18170.545 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus sp. R42DM (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 6.5, 10% (W/V) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→96.842 Å / Num. obs: 122052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 5976 / CC1/2: 0.894

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H0M

4h0m


解像度: 2.15→96.842 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2097 6335 -RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs-121960 99.978 %-
原子変位パラメータBiso max: 67.41 Å2 / Biso mean: 16.7186 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→96.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14916 0 774 1695 17385
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å
Rfactor反射数
Rfree0.26 474
Rwork0.186 -
obs0.19 -
all-8910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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