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万見
- PDB-7d6g: Neutron crystal Structure of E.coli Dihydrofolate Reductase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6g
タイトルNeutron crystal Structure of E.coli Dihydrofolate Reductase complexed with folate and NADP+ at pH4.5
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha beta alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / FOLIC ACID / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
Model detailsneutron diffraction
データ登録者Wan, Q. / Dealwis, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32071264 中国
National Science Foundation (NSF, China)31670790 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Capturing the Catalytic Proton of Dihydrofolate Reductase: Implications for General Acid-Base Catalysis
著者: Wan, Q. / Bennett, B.C. / Wymore, T. / Li, Z. / Wilson, M.A. / Brooks III, C.L. / Langan, P. / Kovalevsky, A. / Dealwis, C.G.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2594
ポリマ－18,0191
非ポリマー1,2403
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monodisperse
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.102, 45.595, 99.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18019.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / プラスミド: pET-sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細FOL in this structure is the tautomer with double bond between N1-C2 atoms instead of N3-C2 atoms. ...FOL in this structure is the tautomer with double bond between N1-C2 atoms instead of N3-C2 atoms. Thus H atom (H31) was observed on N3 atom.

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 40mg/mL DHFR-folate-NADP+ complex, 12% (v/v) PEG 400, 100mM MnCl2, 100mM NaAc, pH4.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12911N
22911N
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00711.54
NUCLEAR REACTOROTHER23.3
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2014年8月10日
CUSTOM-MADE2IMAGE PLATE2015年5月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron3CHOPPER
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
23.31
31
反射

Entry-ID: 7D6G / Rmerge(I) obs: 0.041 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Χ2Net I/σ(I)
1.65-401816393.93.90.9624.94
2.1-27.311768191.762.325.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.753.30.4262.5222300.88177.8
2.1-2.180.3352.35890.9592

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 17.25 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 1rx2

1rx2

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.65-27.31X-RAY DIFFRACTION91.126.36688.650.18620.15710.158590416777176815.1191.7611.38
2.1-26.33NEUTRON DIFFRACTION0.21870.17660.178631670184.572.520
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 129 346 1743
Biso mean--21.63 45.72 -
残基数----159
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.09-2.630.26471310.20932927NEUTRON DIFFRACTION3058264
2.63-26.330.1951850.15943775NEUTRON DIFFRACTION3960280
1.65-1.750.26781160.21842114X-RAY DIFFRACTION2230671
1.75-1.890.18931580.17322809X-RAY DIFFRACTION2967694
1.89-2.080.21421830.16442877X-RAY DIFFRACTION3060697
2.08-2.380.20241410.15542954X-RAY DIFFRACTION3095697
2.38-30.19721650.16232961X-RAY DIFFRACTION3126697
3-27.310.14421410.13983062X-RAY DIFFRACTION3203695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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