登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mln |
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タイトル | Crystal of PhnZ bound to (R)-2-amino-1-hydroxyethylphosphonic acid |
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要素 | Predicted HD phosphohydrolase PhnZ |
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キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / all alpha / Carbon-phosphorus bond cleavage |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
2-amino-1-hydroxyethylphosphonate dioxygenase (glycine-forming) / oxidoreductase activity / hydrolase activity / metal ion binding類似検索 - 分子機能 HDIG domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / HD domain / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha類似検索 - ドメイン・相同性 : / [(1R)-2-amino-1-hydroxyethyl]phosphonic acid / 2-amino-1-hydroxyethylphosphonate dioxygenase (glycine-forming)類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | uncultured bacterium HF130_AEPn_1 (環境試料) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å |
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データ登録者 | van Staalduinen, L.M. / McSorley, F.R. / Zechel, D.L. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) |
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of PhnZ in complex with substrate reveals a di-iron oxygenase mechanism for catabolism of organophosphonates. 著者: van Staalduinen, L.M. / McSorley, F.R. / Schiessl, K. / Seguin, J. / Wyatt, P.B. / Hammerschmidt, F. / Zechel, D.L. / Jia, Z. |
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履歴 | 登録 | 2013年9月6日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2014年4月16日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2017年11月15日 | Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name |
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改定 1.2 | 2023年9月20日 | Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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