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万見
- PDB-7d32: The TBA-Pb2+ complex in P41212 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d32
タイトルThe TBA-Pb2+ complex in P41212 space group
要素DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Quadruplex / Pb2+-binding / DNA aptamer
機能・相同性LEAD (II) ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.707 Å
データ登録者Liu, H.H. / Gao, Y.Q. / Sheng, J. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019FY101506 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structure-guided development of Pb 2+ -binding DNA aptamers.
著者: Liu, H. / Gao, Y. / Mathivanan, J. / Shen, F. / Chen, X. / Li, Y. / Shao, Z. / Zhang, Y. / Shao, Q. / Sheng, J. / Gan, J.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,70212
ポリマ－28,4586
非ポリマー1,2436
水1,53185
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9014
ポリマ－9,4862
非ポリマー4142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9014
ポリマ－9,4862
非ポリマー4142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9014
ポリマ－9,4862
非ポリマー4142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.301, 53.107, 152.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Auth seq-ID: 1 - 15 / Label seq-ID: 1 - 15

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% v/v MPD, 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetra-HCl, and 80 mM sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 24087 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 12.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 137260
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.762.60.43220320.1640.2810.520.884.4
1.76-1.833.10.42222820.270.2570.4980.78792
1.83-1.913.40.40523070.4680.230.470.83794.5
1.91-2.024.50.43323680.5120.2160.4880.85796.5
2.02-2.145.30.4124470.6170.1870.4530.91198.3
2.14-2.315.60.36524560.80.160.40.94598.2
2.31-2.546.30.26624510.9430.1080.2880.90998.7
2.54-2.917.80.19625080.9770.070.2080.95799.2
2.91-3.6680.11425210.9960.040.1210.91498.5
3.66-3090.07927150.9920.0270.0840.80499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D31

7d31


解像度: 1.707→26.447 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 1050 5.07 %
Rwork0.1885 19671 -
obs0.1898 20721 82.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 41.98 Å2 / Biso mean: 19.6314 Å2 / Biso min: 9.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.707→26.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1890 6 85 1981
Biso mean--16 18.28 -
残基数----90
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9183282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.599876
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
12B876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
13C876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
14D876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
15E876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
16F876X-RAY DIFFRACTION7.417TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.707-1.79680.285480.2668104432
1.7968-1.90940.29931200.2776212764
1.9094-2.05670.2671520.267300089
2.0567-2.26360.26291650.2305322396
2.2636-2.59090.24511750.1986331198
2.5909-3.26330.2451920.1719339199
3.2633-26.4470.1351980.1291357599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4973-0.9425-0.1844.43091.04862.4549-0.0711-0.2761-0.11890.27010.08850.2651-0.0430.08990.00050.1475-0.00640.00060.20810.00080.0977-19.138919.2929218.7703
24.1691-0.07060.33692.3061-0.97793.65850.0466-0.07670.15280.0531-0.04640.087-0.0996-0.07450.00670.1297-0.00930.00460.129-0.02560.1092-19.636526.5161208.8027
32.8348-0.07640.5871.07130.32492.63180.0049-0.0770.0615-0.005-0.00140.07190.0752-0.0582-0.00060.1479-0.01140.00160.08820.01970.1149-20.493923.7087193.3266
43.30210.56340.05931.6695-0.00873.104-0.07130.1203-0.0255-0.0850.029-0.24250.11710.02120.03830.12540.0093-0.00790.0637-0.00910.0955-11.871823.6173184.3424
53.1003-0.3454-0.6153.40570.60163.8139-0.0889-0.14490.1893-0.13270.07170.2059-0.08340.27520.01460.1052-0.0001-0.01740.13720.02060.1342-14.429353.1581212.298
62.3855-0.18751.37773.90390.30883.85630.1648-0.3589-0.18660.38290.05780.18860.49660.0244-0.20950.2047-0.0054-0.01030.24340.03940.1172-13.530547.2608222.9932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:15)A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:15)B1 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:15)C1 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:15)D1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:15)E1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 1:15)F1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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