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- PDB-7d2s: Crystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM5C complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2s
タイトルCrystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM5C complex
要素
  • LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
  • Ras suppressor protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Leucine Rich Repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of GTPase activity ...Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / establishment of protein localization / cell-cell adhesion / cell-cell junction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. ...: / : / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 / Ras suppressor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Yang, H. / Wei, Z. / Cong, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870757 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971131 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770791 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Complex structures of Rsu1 and PINCH1 reveal a regulatory mechanism of the ILK/PINCH/Parvin complex for F-actin dynamics.
著者: Yang, H. / Lin, L. / Sun, K. / Zhang, T. / Chen, W. / Li, L. / Xie, Y. / Wu, C. / Wei, Z. / Yu, C.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras suppressor protein 1
B: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1636
ポリマ－33,8482
非ポリマー3154
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.596, 124.596, 50.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Ras suppressor protein 1 / Rsu-1


分子量: 24699.371 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RSU1, RSP1 / プラスミド: pFastbac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15404
#2: タンパク質 LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 / Particularly interesting new Cys-His protein 1 / PINCH-1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-48


分子量: 9148.917 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 249-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMS1, PINCH, PINCH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48059
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bicine pH8.5, 20% w/v PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 46579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 23.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 623057
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.65-1.6812.90.93123210.8230.2690.9690.763
1.68-1.7113.60.79522910.8640.2230.8260.773
1.71-1.7413.60.69323490.90.1940.720.784
1.74-1.7813.50.58922910.9240.1660.6120.805
1.78-1.8213.40.48623150.9470.1370.5050.83
1.82-1.8613.10.38523130.9610.110.40.879
1.86-1.912.60.32823110.9670.0960.3420.938
1.9-1.9613.30.26523140.9810.0750.2761
1.96-2.0113.90.21923350.9870.0610.2271.106
2.01-2.0813.80.18823360.990.0530.1951.202
2.08-2.1513.50.16322830.9930.0460.1691.227
2.15-2.24130.14423310.9940.0420.151.28
2.24-2.3412.70.12423150.9940.0360.1291.377
2.34-2.4613.90.10923400.9960.030.1131.429
2.46-2.6213.80.123230.9960.0280.1031.331
2.62-2.8213.60.0923280.9950.0250.0931.214
2.82-3.1112.90.08223400.9970.0240.0851.079
3.11-3.5514.10.07323480.9980.020.0761.056
3.55-4.48130.06423790.9980.0180.0660.978
4.48-5013.30.06324160.9970.0180.0660.968

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U06

4u06


解像度: 1.653→50 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1845 2355 5.06 %
Rwork0.166 44215 -
obs0.1669 46570 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.11 Å2 / Biso mean: 32.8943 Å2 / Biso min: 15.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.653→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 14 187 2376
Biso mean--32.17 38.82 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0123115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.833899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.653-1.68630.27141340.2411256197
1.6863-1.72290.24431430.21732546100
1.7229-1.7630.21711390.21532606100
1.763-1.80710.23321340.20322582100
1.8071-1.8560.23131530.18982574100
1.856-1.91060.22151430.18612583100
1.9106-1.97220.18571510.16682560100
1.9722-2.04270.21031380.16982606100
2.0427-2.12450.18451370.1672582100
2.1245-2.22120.18591420.17352581100
2.2212-2.33830.20691370.17032613100
2.3383-2.48480.18891490.16222613100
2.4848-2.67660.18511390.17652605100
2.6766-2.9460.20091360.17542608100
2.946-3.37210.17271240.16992634100
3.3721-4.24810.15591290.14432641100
4.2481-500.16161270.15052720100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77970.23371.49232.90051.67811.63740.02520.2251-1.18710.1520.11711.09561.3519-0.8157-0.19550.7663-0.35910.03770.5766-0.1020.66959.64098.2788-32.3753
22.0577-0.3182-0.77842.162-0.16312.0472-0.14710.1496-0.3628-0.10040.02680.13070.6359-0.2510.08850.3169-0.06910.01050.1966-0.0160.251120.00613.8564-30.3361
33.8654-0.24841.01291.8855-0.29683.0583-0.02720.4284-0.3257-0.4374-0.03770.22750.3747-0.55020.0820.272-0.096-0.020.2736-0.02680.189617.881918.7644-39.3977
41.1565-0.3144-0.70991.68510.22844.427-0.07290.22830.0929-0.10010.01610.02850.1522-0.04520.0560.1303-0.0437-0.00790.18340.01460.165522.723124.2393-34.1615
52.2150.3259-0.36381.58780.36593.04730.02670.18010.1086-0.05250.0246-0.0259-0.09260.0072-0.05530.1429-0.0219-0.00330.19140.02450.170726.279731.607-32.6599
62.2044-0.21870.55342.35580.41453.7447-0.07380.28440.5455-0.11540.04050.0781-0.5175-0.06180.02770.215-0.0040.00610.20580.0790.319920.952643.1915-32.7633
73.27430.71960.47572.8265-0.42293.79410.09190.10680.73270.1609-0.44360.0998-1.37670.09650.33810.5903-0.0257-0.09950.2486-0.01340.543925.331151.1241-22.5051
80.73740.0056-0.28332.4274-4.06186.90940.3211-0.10060.93030.12310.24950.6063-1.3767-0.3455-0.55210.99350.1668-0.10990.5237-0.10630.931320.651353.8481-23.2419
97.21341.1775-2.13740.9243-1.06922.19410.09020.29250.4370.0116-0.0219-0.1181-0.11610.1944-0.01940.1672-0.0161-0.01870.54330.05230.3762-0.036433.6842-34.1034
102.33610.09011.0940.1115-0.14630.87270.14540.15840.187-0.0025-0.16960.28450.0106-0.25570.01470.1746-0.0049-0.0060.42990.01640.29274.004731.1408-25.7276
113.28980.26510.91592.53931.10771.3990.2881-0.5664-0.08850.3344-0.23860.41430.1697-0.712-0.04870.2462-0.06760.02210.45160.03230.26596.346629.8817-18.8305
123.99280.77212.17552.1041-0.50022.94090.0869-0.48910.14720.2776-0.07830.2258-0.0061-0.3455-0.01950.1974-0.0270.02680.3258-0.00710.20117.292530.6947-13.7676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 21 )A3 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 56 )A22 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 69 )A57 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 92 )A70 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 129 )A93 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 130 through 186 )A130 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 187 through 196 )A187 - 196
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 197 through 208 )A197 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 249 through 262 )B249 - 262
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 263 through 282 )B263 - 282
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 283 through 296 )B283 - 296
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 297 through 318 )B297 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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