PDB-7d27: Structure of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d27

タイトル

Structure of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase

要素

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

キーワード

LIGASE / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2 / 6-diaminopimelate ligase / murE / Acinetobacter baumannii / antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Park, H.H. / Jeong, K.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021
タイトル: Wide-open conformation of UDP-MurNc-tripeptide ligase revealed by the substrate-free structure of MurE from Acinetobacter baumannii.
著者: Jung, K.H. / Kim, Y.G. / Kim, C.M. / Ha, H.J. / Lee, C.S. / Lee, J.H. / Park, H.H.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d27.cif.gz	111.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d27.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d27_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d27_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	7d27_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	7d27_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bubS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x7m-1 6ht9-2 7m0k-1 1til-1 5xtv-d 2fuc-1 7m0l-1 4wxv-d 2ihc-d 4rld-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.960, 119.960, 116.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase 分子量: 55118.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: murE, EA667_001595, EA685_00960, EA746_009110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A429M5V5, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...

分子量: 55118.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: murE, EA667_001595, EA685_00960, EA746_009110 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A429M5V5, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 21%(v/v) 2-propanl, 30% (v/v) Glyceol 0.07M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.14M Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 104.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→29.18 Å / Num. obs: 30793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.48→2.57 Å / Num. unique obs: 3022 / R_pim(I) all: 0.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MxDC		データ収集
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BUB

4bub

解像度: 2.48→20.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	1983	6.453 %
R_work	0.2281	28746	-
all	0.23	-	-
obs	-	30729	99.727 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→20.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3796	0	0	136	3932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.635	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.325	1.572	8194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.061	22.936	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.068	15	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.792	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.236	0.2	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.043	3.053	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.041	3.051	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.135	4.546	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.135	4.548	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.478	3.278	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.477	3.279	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.038	4.804	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.037	4.806	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.481	36.108	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.48	36.035	4241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.544	0.322	143	0.278	2108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.544-2.614	0.317	138	0.252	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.954
2.614-2.69	0.27	140	0.251	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.772	0.285	132	0.239	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.772-2.863	0.3	128	0.228	1869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.863-2.964	0.307	123	0.221	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.075	0.213	125	0.2	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.075-3.201	0.235	117	0.209	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.201-3.343	0.24	113	0.209	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.343-3.506	0.265	108	0.219	1555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.506-3.695	0.234	101	0.215	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.695-3.919	0.234	95	0.205	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.919-4.189	0.249	91	0.206	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
4.189-4.523	0.225	85	0.196	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
4.523-4.954	0.257	81	0.203	1145	X-RAY DIFFRACTION	100
4.954-5.536	0.321	73	0.264	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
5.536-6.388	0.275	66	0.256	939	X-RAY DIFFRACTION	100
6.388-7.812	0.274	57	0.255	805	X-RAY DIFFRACTION	100
7.812-9.002	0.29	45	0.25	646	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.349	22	0.33	325	X-RAY DIFFRACTION	80.6977

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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