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万見
- PDB-4bub: CRYSTAL STRUCTURE OF MURE LIGASE FROM THERMOTOGA MARITIMA IN COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bub
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURE LIGASE FROM THERMOTOGA MARITIMA IN COMPLEX WITH ADP
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE
キーワードLIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / MURE / ADP-FORMING ENZYME / CELL WALL / CELL SHAPE / CELL CYCLE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP- BINDING / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-D-lysine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--D-lysine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-L-lysine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-L-lysine ligase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-D-lysine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--D-lysine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-L-lysine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-L-lysine ligase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folylpolyglutamate synthetase, conserved site / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal ...Folylpolyglutamate synthetase, conserved site / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--LD-lysine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Favini-Stabile, S. / Contreras-Martel, C. / Thielens, N. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Mreb and Murg as Scaffolds for the Cytoplasmic Steps of Peptidoglycan Biosynthesis
著者: Favini-Stabile, S. / Contreras-Martel, C. / Thielens, N. / Dessen, A.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5226
ポリマ－112,6192
非ポリマー9034
水30617
1
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7613
ポリマ－56,3101
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7613
ポリマ－56,3101
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.387, 74.387, 441.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 99
2114B1 - 99
1124A100 - 325
2124B100 - 325
1134A326 - 486
2134B326 - 486

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.966187, 0.036444, -0.255254), (-0.086974, 0.885876, 0.455696), (0.242731, 0.462488, -0.852752)92.24935, -2.69733, 24.42719
3given(1), (1), (1)
4given(-0.970305, 0.032599, -0.239677), (-0.081176, 0.889524, 0.449619), (0.227856, 0.455724, -0.860464)91.80976, -2.61092, 24.90182
5given(1), (1), (1)
6given(-0.993907, -0.109651, -0.011201), (-0.108465, 0.954934, 0.276291), (-0.019599, 0.275823, -0.961009)83.61928, 3.57336, 36.46927

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--LD-LYSINE LIGASE / MURD LIGASE / D-GLUTAMIC ACID-ADDING ENZYME / UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE SYNTHETASE


分子量: 56309.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: DSM 3109 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9WY79, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-D-lysine ligase, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-L-lysine ligase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 0.1M CITIRC ACID PH5, 3% PEGMME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97921
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 29228 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 94.853 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 25.587 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28138 2908 9.9 %RANDOM
Rwork0.21802 ---
obs0.22419 26319 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.49 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7547 0 56 17 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.98110437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7745957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58923.922357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.522151333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4991560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.28610.5363840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.1415.8014793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.46811.353888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A739medium positional0.690.5
12B739medium positional0.690.5
21A1758medium positional0.490.5
22B1758medium positional0.490.5
31A1258medium positional0.470.5
32B1258medium positional0.470.5
11A739medium thermal12.142
12B739medium thermal12.142
21A1758medium thermal12.042
22B1758medium thermal12.042
31A1258medium thermal9.462
32B1258medium thermal9.462
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 166 -
Rwork0.465 1472 -
obs--71.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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