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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d17 | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Macrostomum lignano glutaminyl cyclase | |||||||||||||||
![]() | Glutaminyl-peptide cyclotransferase | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutaminyl cyclase / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | glutaminyl-peptide cyclotransferase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Glutaminyl-peptide cyclotransferase![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Huang, K.-F. / Huang, J.-S. / Wu, M.-L. / Hsieh, W.-L. / Wang, A.H.-J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Unique Carboxylic-Acid Hydrogen-Bond Network (CAHBN) Confers Glutaminyl Cyclase Activity on M28 Family Enzymes. 著者: Huang, K.F. / Huang, J.S. / Wu, M.L. / Hsieh, W.L. / Hsu, K.C. / Hsu, H.L. / Ko, T.P. / Wang, A.H. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 711.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 715.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7d18C ![]() 7d1bC ![]() 7d1dC ![]() 7d1eC ![]() 7d1hC ![]() 7d1nC ![]() 7d1pC ![]() 7d1yC ![]() 7d21C ![]() 7d23C ![]() 7d2bC ![]() 7d2dC ![]() 7d2iC ![]() 7d2jC ![]() 4mhnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37405.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BOX15_Mlig028993g1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A267GXB9, glutaminyl-peptide cyclotransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, 70% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.98→30 Å / Num. obs: 6437 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 59.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.998→3.09 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 618 / % possible all: 99 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MHN 解像度: 2.998→29.466 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.82 Å2 / Biso mean: 52.4904 Å2 / Biso min: 15.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.998→29.466 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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