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万見
- PDB-7d0n: Crystal structure of mouse CRY2 apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d0n
タイトルCrystal structure of mouse CRY2 apo form
要素Cryptochrome-2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRY / CRY2 / cryptochrome / PHR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding ...regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / response to light stimulus / phosphatase binding / FAD binding / response to activity / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / circadian rhythm / protein import into nucleus / glucose homeostasis / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR14LA 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05590 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation.
著者: Miller, S. / Srivastava, A. / Nagai, Y. / Aikawa, Y. / Tama, F. / Hirota, T.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8471
ポリマ－58,8471
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein is monomeric in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.840, 67.840, 128.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-2


分子量: 58847.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2, Kiaa0658
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R194
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl, 10% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.12 Å / Num. obs: 14322 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 45.03 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2112 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.662 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5.8.0257精密化
MOSFLM7.3.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KX8

6kx8


解像度: 2.8→33.92 Å / SU ML: 0.5078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.0882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 678 4.74 %
Rwork0.2505 13616 -
obs0.2526 14294 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 0 34 3393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78264754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0425490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.020.37711240.32272741X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.320.3371190.29082707X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.31181230.26012744X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.27651300.21752722X-RAY DIFFRACTION100
4.78-33.920.26261820.23042702X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.383086667640.339463217253-0.8517594921890.935820257321-0.7729089813941.32362567433-0.818762863668-0.101144082404-1.313917761040.09003795082540.0175300730149-0.03991229727371.375757370990.325722586860.8355767473921.128579457040.2329598620620.8137093923010.4667628512620.1525158786140.8633252298465.5408434354-36.15318145934.22976487645
20.560000782309-0.133509363819-0.03953956574360.910919153497-0.1292785677241.25190512068-0.560029780264-0.696541200224-0.5629744767310.69181644292-0.1187718286310.06830122185380.5520686248420.5901023814110.06685911817040.7435615775680.2418050034090.2710699928410.7264435815060.2919755405180.4207402477522.06855638058-24.643973648318.7847557697
32.866705525960.408052934132-1.362695224470.510371234442-0.5990736470732.95543750211-0.3952559266821.04870303258-0.614081247757-0.209341500768-0.04325609672040.009896930692620.752046053694-0.8266205818550.2351780651060.503656635933-0.3391217939120.1550116402131.06626292403-0.2492757393060.500261994436-21.0350878494-24.94743665592.7860329788
42.846626690580.14787247854-0.8063566818631.132338451110.2699379118623.193434874530.2492144334960.7282103517830.284414860489-0.08684559219770.0504598697754-0.03205174922350.207873901027-0.571147204618-0.06028150390990.199281462730.04126241895370.06579068432880.2927025395860.03298008817230.198432118745-9.86828985051-11.2991151197.59431634866
51.324178976191.21216317515-0.1093439054331.27215439969-0.1338769035812.46914398409-0.05958703591740.178808998681-0.1544979801290.461523111231-0.2062703008360.6309479578140.296728920524-0.7881105616780.1324642101210.421636665283-0.165953906960.2050991837310.375512507057-0.1503440171030.504771447143-17.4713676806-18.347168043513.3631624258
60.4336278399550.0884963061086-0.8651658992350.596066638597-0.4125336308411.803124504270.6697064805990.1683891529691.060160497060.254842529557-0.01061725446710.158119704574-0.846188931431-0.335621130643-0.376258537030.567179821735-0.06200279583460.413229404140.3108023201080.05301576037270.746368045076-12.45062841492.3205217558113.7171797307
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 217 )21 - 2171 - 190
22chain 'A' and (resid 218 through 318 )218 - 318191 - 274
33chain 'A' and (resid 319 through 341 )319 - 341275 - 297
44chain 'A' and (resid 342 through 407 )342 - 407298 - 363
55chain 'A' and (resid 408 through 434 )408 - 434364 - 390
66chain 'A' and (resid 435 through 507 )435 - 507391 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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