+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dli | |||||||||
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Title | Crystal structure of mouse CRY1 in complex with KL001 compound | |||||||||
Components | Cryptochrome-1 | |||||||||
Keywords | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRY / CRY1 / cryptochrome / PHR | |||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / regulation of DNA damage checkpoint / response to glucagon / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of gluconeogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / E-box binding ...negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / regulation of DNA damage checkpoint / response to glucagon / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of gluconeogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / E-box binding / photoreceptor activity / response to light stimulus / signal transduction in response to DNA damage / phosphatase binding / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of protein ubiquitination / FAD binding / response to activity / positive regulation of protein ubiquitination / gluconeogenesis / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / histone deacetylase binding / circadian rhythm / glucose homeostasis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021 Title: Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation. Authors: Miller, S. / Srivastava, A. / Nagai, Y. / Aikawa, Y. / Tama, F. / Hirota, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dli.cif.gz | 662.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dli.ent.gz | 451.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dli.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/7dli | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7d0mC 7d0nC 7ej9C 6kx4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 57371.734 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cry1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P97784 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 22% (w/v) PEG3350, 3% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M NH4Cl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: Bruker DIP-6040 / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→53.38 Å / Num. obs: 78355 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 25.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 11226 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.188 / Rrim(I) all: 0.415 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6KX4 Resolution: 2.2→51.17 Å / SU ML: 0.2384 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.6998 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→51.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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