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- PDB-7cz9: Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cz9
タイトルCrystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebsiella pneumoniae
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Multidrug efflux transporter / Drug efflux transporter / Membrane transporter / RND transporter / Secondary-active transporter / Multidrug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Efflux pump membrane transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Murakami, S. / Okada, U. / Yamashita, E.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02386 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05396 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K06079 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure and function relationship of OqxB efflux pump from Klebsiella pneumoniae.
著者: Bharatham, N. / Bhowmik, P. / Aoki, M. / Okada, U. / Sharma, S. / Yamashita, E. / Shanbhag, A.P. / Rajagopal, S. / Thomas, T. / Sarma, M. / Narjari, R. / Nagaraj, S. / Ramachandran, V. / ...著者: Bharatham, N. / Bhowmik, P. / Aoki, M. / Okada, U. / Sharma, S. / Yamashita, E. / Shanbhag, A.P. / Rajagopal, S. / Thomas, T. / Sarma, M. / Narjari, R. / Nagaraj, S. / Ramachandran, V. / Katagihallimath, N. / Datta, S. / Murakami, S.
履歴
登録2020年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Efflux pump membrane transporter
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
D: Efflux pump membrane transporter
E: Efflux pump membrane transporter
F: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)722,462122
ポリマ－676,2876
非ポリマー46,175116
水52,9642940
1
A: Efflux pump membrane transporter
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,68059
ポリマ－338,1433
非ポリマー21,53656
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Efflux pump membrane transporter
E: Efflux pump membrane transporter
F: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,78363
ポリマ－338,1433
非ポリマー24,63960
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.947, 128.780, 137.262
Angle α, β, γ (deg.)91.28, 90.01, 103.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Efflux pump membrane transporter / OqxB


分子量: 112714.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: U5U6L7
#2: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, sodium chloride, Glycerol, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射モノクロメーター: two Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.28 Å / Num. obs: 709740 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.12 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 34205 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
XDSVer. Mar 15, 2019データ削減
XSCALEVer. Mar 15, 2019データスケーリング
PHASER(1.18_3845: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DX5

4dx5


解像度: 1.85→43.28 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 35722 5.04 %
Rwork0.1802 --
obs0.1821 709314 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47503 0 2921 2940 53364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01851441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40869714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6647848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.870.389811660.359922003X-RAY DIFFRACTION95
1.87-1.890.372911750.339722383X-RAY DIFFRACTION96
1.89-1.920.352612060.317622238X-RAY DIFFRACTION96
1.92-1.940.326412250.29322366X-RAY DIFFRACTION96
1.94-1.970.322511600.27522413X-RAY DIFFRACTION96
1.97-1.990.3111760.264822309X-RAY DIFFRACTION96
1.99-2.020.292912190.253922423X-RAY DIFFRACTION96
2.02-2.050.279811190.234822414X-RAY DIFFRACTION97
2.05-2.080.263911770.227922416X-RAY DIFFRACTION97
2.08-2.120.252111440.204522604X-RAY DIFFRACTION97
2.12-2.150.246511640.200322413X-RAY DIFFRACTION97
2.15-2.190.243511660.190822450X-RAY DIFFRACTION97
2.19-2.240.235512390.185522426X-RAY DIFFRACTION97
2.24-2.280.231111720.180922518X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.330.224812150.182522524X-RAY DIFFRACTION97
2.33-2.390.23412400.176722577X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.440.227812290.176122454X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.510.224812410.176122508X-RAY DIFFRACTION97
2.51-2.580.225412030.172822615X-RAY DIFFRACTION97
2.58-2.670.222411820.170422509X-RAY DIFFRACTION97
2.67-2.760.214112050.17122575X-RAY DIFFRACTION97
2.76-2.870.229912670.177722492X-RAY DIFFRACTION97
2.87-30.222812000.172122608X-RAY DIFFRACTION97
3-3.160.226411700.175822570X-RAY DIFFRACTION97
3.16-3.360.213811440.170522658X-RAY DIFFRACTION97
3.36-3.620.19811500.165122617X-RAY DIFFRACTION97
3.62-3.980.195711370.165322449X-RAY DIFFRACTION97
3.98-4.560.183311850.155222353X-RAY DIFFRACTION96
4.56-5.740.183513000.163822293X-RAY DIFFRACTION97
5.74-43.280.20411460.182222414X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.0787 Å / Origin y: 80.4547 Å / Origin z: -14.4714 Å
111213212223313233
T0.2312 Å2-0.0001 Å20.0067 Å2-0.2427 Å2-0.0344 Å2--0.2635 Å2
L0.09 °2-0.0063 °20.0232 °2-0.0539 °2-0.0207 °2--0.1784 °2
S-0.0064 Å °-0.0094 Å °0.0007 Å °-0.0073 Å °0.0087 Å °-0.0009 Å °-0.007 Å °-0.0069 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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