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Yorodumi- PDB-4dx5: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dx5 | ||||||
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Title | Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop | ||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / DARPin / multidrug efflux protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Eicher, T. / Cha, H. / Seeger, M.A. / Brandstaetter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Gruetter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop. Authors: Eicher, T. / Cha, H.J. / Seeger, M.A. / Brandstatter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Grutter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dx5.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dx5.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dx5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 114736.289 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: acrB, acrE, b0462, JW0451 / Plasmid: pET24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C43(DE3) / References: UniProt: P31224 #2: Protein | Mass: 18317.566 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Plasmid: PQE30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Xl1blue |
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-Sugars , 2 types, 9 molecules
#4: Sugar | ChemComp-LMT / #11: Sugar | ChemComp-LMU / | |
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-Non-polymers , 11 types, 1825 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-OCT / #6: Chemical | ChemComp-D10 / #7: Chemical | ChemComp-HEX / #8: Chemical | ChemComp-D12 / #9: Chemical | ChemComp-MIY / ( | #10: Chemical | ChemComp-C14 / | #12: Chemical | ChemComp-DD9 / | #13: Chemical | ChemComp-SO4 / | #14: Chemical | ChemComp-UND / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 7% PEG 4000, 6% glycerol, 0.002M minocycline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→39.47 Å / Num. all: 452134 / Num. obs: 452063 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 12.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→39.468 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / Phase error: 26.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.532 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→39.468 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 40.538 Å / Origin y: -31.3127 Å / Origin z: -30.7368 Å
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Refinement TLS group |
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