PDB-4u95: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u95

タイトル

Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB

要素

DARPin
Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / DARPin / multidrug efflux protein

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pos, K.M.

引用

ジャーナル: eLife / 年: 2014
タイトル: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB
著者: Eicher, T. / Seeger, M.A. / Anselmi, C. / Zhou, W. / Brandstaetter, L. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Faraldo-Gomez, J.D. / Pos, K.M.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u95.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u95.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u8vC 4u8yC 4u96C 4dx5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j8s-d 6q4n-d 3noc-d 6q4p-d 4u8v-d 4dx5-d 6sgu-d 4u96-d 4u8y-d 5nc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: DARPin

E: DARPin

ヘテロ分子

383 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.910, 162.320, 245.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 114678.195 Da / 分子数: 3 / 変異: K940A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質	DARPin 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE / ミノサイクリン分子量: 457.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₃O₇ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.83 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 8% PEG4000, 6% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.993 Å / Num. obs: 349404 / % possible obs: 89.38 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 11.04
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 3.32 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 53.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PHASER	PHENIX version 1.9 -1692	位相決定
XDS	Version January 10, 2014	データ削減
XSCALE	Version January 10, 2014	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DX5

4dx5

解像度: 2→48.993 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	17468	5 %
R_work	0.1942	-	-
obs	0.1963	349325	89.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25929	0	138	2357	28424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	26565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	36092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.527	9623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	4257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4619

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9995-2.0222	0.3846	323	0.3807	6143	X-RAY DIFFRACTION	50
2.0222-2.046	0.3928	341	0.3622	6464	X-RAY DIFFRACTION	53
2.046-2.071	0.3632	364	0.3526	6928	X-RAY DIFFRACTION	56
2.071-2.0972	0.389	389	0.3394	7377	X-RAY DIFFRACTION	60
2.0972-2.1248	0.3553	410	0.3267	7812	X-RAY DIFFRACTION	64
2.1248-2.1539	0.3543	440	0.3128	8353	X-RAY DIFFRACTION	68
2.1539-2.1847	0.3506	473	0.3101	8973	X-RAY DIFFRACTION	73
2.1847-2.2173	0.321	508	0.3056	9660	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2173-2.2519	0.3085	549	0.2911	10452	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2519-2.2889	0.3282	604	0.277	11492	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2889-2.3283	0.3118	643	0.2624	12203	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3283-2.3707	0.3156	649	0.2528	12322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3707-2.4163	0.2767	648	0.2327	12308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4163-2.4656	0.2907	650	0.2235	12320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4656-2.5192	0.2666	644	0.2226	12273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5192-2.5778	0.2714	652	0.2156	12359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5778-2.6422	0.2536	648	0.2122	12314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6422-2.7137	0.264	650	0.1981	12367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7137-2.7935	0.2453	651	0.1922	12362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7935-2.8837	0.2335	652	0.186	12381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8837-2.9867	0.2411	650	0.1814	12361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9867-3.1063	0.23	652	0.1834	12394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1063-3.2476	0.2339	654	0.1678	12398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2476-3.4188	0.2079	652	0.1698	12379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4188-3.633	0.2102	655	0.1567	12460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.633-3.9134	0.1845	656	0.1515	12456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9134-4.307	0.1948	657	0.1514	12471	X-RAY DIFFRACTION	100
4.307-4.9297	0.1828	661	0.1424	12556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9297-6.2089	0.2013	664	0.1608	12625	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2089-49.0074	0.2024	679	0.1786	12894	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.3928 Å / Origin y: -31.7927 Å / Origin z: -30.695 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.046 Å²	0.0072 Å²	-0.0203 Å²	-	0.0136 Å²	-0.0145 Å²	-	-	0.0361 Å²
L	0.2611 °²	0.0426 °²	-0.0659 °²	-	0.1137 °²	-0.0625 °²	-	-	0.1868 °²
S	0.0627 Å °	-0 Å °	0.0371 Å °	0.0081 Å °	-0.0428 Å °	0.035 Å °	-0.0193 Å °	0.0259 Å °	0.0066 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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