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- PDB-7cz0: Crystal structure of a thermostable green fluorescent protein (TG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cz0
タイトルCrystal structure of a thermostable green fluorescent protein (TGP) with a synthetic nanobody (Sb92)
要素
  • Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
  • Thermostable green fluorescent protein (TGP)
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / complex / GFP / nanobody / single-chain antibody / sybody / synthetic antibody / TGP / thermostable green fluorescent protein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / CACODYLATE ION / CACODYLIC ACID
機能・相同性情報
生物種Galaxea fascicularis (アザミサンゴ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Cai, H. / Yao, H. / Li, T. / Hutter, C. / Tang, Y. / Li, Y. / Seeger, M. / Li, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31870726 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An improved fluorescent protein tag and its nanobodies for membrane protein expression, stability assay, and purification
著者: Cai, H. / Yao, H. / Li, T. / Hutter, C. / Tang, Y. / Li, Y. / Seeger, M. / Li, D.
履歴
登録2020年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
B: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
C: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
D: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
E: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
F: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
G: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
H: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,45223
ポリマ－170,0458
非ポリマー1,40615
水00
1
A: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
E: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0187
ポリマ－42,5112
非ポリマー5065
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
F: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0318
ポリマ－42,5112
非ポリマー5206
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
G: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6033
ポリマ－42,5112
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thermostable green fluorescent protein (TGP)
H: Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7995
ポリマ－42,5112
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.245, 130.154, 171.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Thermostable green fluorescent protein (TGP)


分子量: 26699.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Uniprot A8CLT2
由来: (組換発現) Galaxea fascicularis (アザミサンゴ)
プラスミド: pEC / 詳細 (発現宿主): pET-based vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体
Synthetic nanobody (Sybody) 92 recognizing the thermostable green fluorescent protein (TGP)


分子量: 15811.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pEC / 詳細 (発現宿主): pET-based vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 15分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14.4 %(w/v) PEG 8000, 160mM calcium acetate, 20% (v/v) glycerol, 80mM sodium cacodylate / HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→47.62 Å / Num. obs: 54942 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.77→2.85 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4418 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.651 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZ2

6lz2


解像度: 2.77→47.62 Å / SU ML: 0.3827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3841
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 2720 4.96 %
Rwork0.2023 52071 -
obs0.2042 54791 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10522 0 84 0 10606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003810864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.715514674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04871516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.76031542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.820.42271310.33842702X-RAY DIFFRACTION99.79
2.82-2.870.43711290.332725X-RAY DIFFRACTION99.72
2.87-2.930.3591430.30412696X-RAY DIFFRACTION99.75
2.93-30.31681390.28632708X-RAY DIFFRACTION99.68
3-3.070.28651510.26342678X-RAY DIFFRACTION99.68
3.07-3.140.31851530.2572701X-RAY DIFFRACTION99.72
3.14-3.230.29251410.24042724X-RAY DIFFRACTION99.76
3.23-3.320.24641310.22212718X-RAY DIFFRACTION99.86
3.32-3.430.27751450.22352732X-RAY DIFFRACTION99.79
3.43-3.550.27531350.21982728X-RAY DIFFRACTION99.86
3.55-3.70.25281440.2062717X-RAY DIFFRACTION99.9
3.7-3.860.25611300.19572748X-RAY DIFFRACTION99.86
3.86-4.070.21791740.182732X-RAY DIFFRACTION99.97
4.07-4.320.22481360.16912741X-RAY DIFFRACTION99.79
4.32-4.660.17951510.15492740X-RAY DIFFRACTION99.93
4.66-5.120.18021550.15012763X-RAY DIFFRACTION99.9
5.12-5.860.21671380.16332785X-RAY DIFFRACTION99.9
5.86-7.380.20291490.19862824X-RAY DIFFRACTION99.9
7.38-47.620.19761450.19282909X-RAY DIFFRACTION98.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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