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万見
- PDB-7cyr: The closed conformation of MSMEG_1954 from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cyr
タイトルThe closed conformation of MSMEG_1954 from Mycobacterium smegmatis
要素ABC1 family protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / antibiotic binding / ADP binding
機能・相同性ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / ABC1 atypical kinase-like domain / ubiquinone biosynthetic process / nucleotide binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / ACETATE ION / ABC1 family protein
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, Q. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Conformational Changes in a Macrolide Antibiotic Binding Protein From Mycobacterium smegmatis Upon ADP Binding.
著者: Zhang, Q. / Liu, X. / Liu, H. / Zhang, B. / Yang, H. / Mi, K. / Guddat, L.W. / Rao, Z.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9742
ポリマ－47,9151
非ポリマー591
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.574, 61.236, 117.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC1 family protein


分子量: 47915.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_1954
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0QTT2
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The protein was expression with following sequence: ...The protein was expression with following sequence: MSPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHPPKLEVLFQGPLGSPEFMSDIKRGSVARNAKLAGLAGGMAGRAALGFGKRLTGKSKDEVTAELMDKAAQQLFTVLGELKGGAMKVGQALSVMEAAIPEQYGKPYREALTKLQKDAPPLPAAKVHRVLDAQLGTKWRDRFSSFDDKPVASASIGQVHKGIWSDGREVAVKIQYPGADEALRADLKTIQRLVGVFKQLAPGADIQGVVDELTERTEMELDYRLEADNQRAFAKAYRNDPHFAVPAIIASAPKVVISEWMEGIPMSVIIREGTPEQRDLMGTRLTELTFGAPARLEMMHGDAHPGNFMLLPDGRMGVIDFGAVAPLPGGFPTSLGETIRLARDKNYDELLPTMERAGFLQKGQEVSIEEVEDMLRQYVDPIKVDVFHYNRKWLQKMAASQMDNSVAQIKMARSLDLPANLAIPLRVIASTVAICCQLDAHVPVKVIATELVPGFAEEAA However, the protein was degraded during crystallization and the exact sequence of the protein after degradation was not identified.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Hepes (pH7.5), 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.046→50 Å / Num. obs: 24869 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 24.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.09140.42212240.960.1170.4380.968100
2.09-2.1214.10.34312120.9750.0940.3560.973100
2.12-2.1614.10.31712380.9790.0870.3290.987100
2.16-2.21140.26812340.9840.0740.2791.001100
2.21-2.26140.24212230.9870.0670.2511.07199.9
2.26-2.31140.20612310.9910.0570.2141.038100
2.31-2.37140.19212290.990.0530.21.02799.9
2.37-2.43140.17112470.9920.0470.1771.035100
2.43-2.513.90.15512220.9920.0430.1611.04100
2.5-2.58140.13812500.9950.0380.1431.0299.9
2.58-2.6813.90.12412340.9950.0340.1281.021100
2.68-2.7813.60.10312450.9970.0290.1080.948100
2.78-2.9113.60.09212430.9970.0260.0960.90999.9
2.91-3.0613.40.0812420.9970.0230.0840.87299.9
3.06-3.2513.20.07312680.9970.0210.0760.84799.8
3.25-3.5112.60.06712340.9970.020.070.81999.3
3.51-3.8611.30.05912640.9970.0190.0620.80298
3.86-4.4210.50.05212070.9970.0170.0551.13695.4
4.42-5.5611.40.05112660.9980.0160.0531.03797.2
5.56-5012.10.03613560.9990.0110.0381.17497.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YJZ

5yjz


解像度: 2.05→40.321 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1264 5.1 %
Rwork0.178 23544 -
obs0.1806 24808 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.77 Å2 / Biso mean: 33.41 Å2 / Biso min: 10.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→40.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 4 293 3349
Biso mean--34.45 38.46 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.974228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9211184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.12840.23971480.1828253998
2.1284-2.22520.22971350.18252586100
2.2252-2.34260.25061420.18242600100
2.3426-2.48930.28061420.18962586100
2.4893-2.68150.27671390.18742642100
2.6815-2.95120.23231370.18442612100
2.9512-3.37810.20291450.17332636100
3.3781-4.25530.20891410.1607260697
4.2553-40.3210.22111350.1828273797
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4236 Å / Origin y: 10.2192 Å / Origin z: -22.9987 Å
111213212223313233
T0.1315 Å20 Å2-0.0089 Å2-0.1325 Å20.0025 Å2--0.159 Å2
L0.5513 °20.0888 °20.2749 °2-0.4898 °20.3853 °2--1.0044 °2
S0.0379 Å °0.019 Å °-0.097 Å °0.0454 Å °-0.0023 Å °-0.0868 Å °0.0745 Å °0.112 Å °-0.0362 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 437
2X-RAY DIFFRACTION1allA441 - 748

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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